Nel XV e XVI secolo il Brunei era una potenza importante della regione, in quanto controllava non solo la maggior parte del Borneo, ma anche parte delle Filippine. Gli spagnoli e i portoghesi furono i primi europei ad arrivare, ma sarà con l'arrivo degli inglesi nei secoli XVII e XVIII che l'influenza politica del Brunei comincerà a declinare. Sarawak fu ceduta agli inglesi nel XIX secolo e il sultano del Brunei fu costretto a firmare una serie di trattati via via che James Brooke, il primo raja bianco di Sarawak, consolidava il suo potere. Nel 1888 il sultanato diventò protettorato britannico.
Il Brunei perse gradualmente terreno, finché, come ultimo, assurdo atto, il territorio del Limbang fu ceduto a Sarawak nel 1890 e il paese fu spezzato a metà. Nel 1929, proprio quando il Brunei stava per essere cancellato del tutto, fu scoperto il petrolio. Nel 1962 una rivolta fece fallire il progetto inglese di fare del Brunei uno stato all'interno della federazione malese. Il sultano sospese la costituzione e optò per l'indipendenza. Da allora il paese è governato da una legislazione di emergenza e le elezioni di cui si continua a discutere non hanno mai avuto luogo. Nel 1984 il Brunei ha raggiunto la completa indipendenza dalla Gran Bretagna e ha dato rilievo a questo evento entrando a far parte dell'ASEAN. Da quel momento si è mosso nella direzione del fondamentalismo islamico. Nel 1991 la vendita degli alcolici è stata vietata e sono state introdotte regole più rigide per quel che riguarda l'abbigliamento.
Più recentemente, un piccolo gruppo di giovani ha dato vita a manifestazioni di protesta. La spinta al cambiamento è stata accentuata dagli scandali reali che hanno coinvolto il sultano e il fratello più giovane, il principe Jefri Bolkiah. Playboy, giocatore di polo, questi è stato accusato di appropriazione indebita e ora sta subendo una sostanziosa riduzione del suo appannaggio personale. Il fatto di aver fissato un limite alle spese, sia per compensare la recente diminuzione del prezzo del petrolio, sia per contenere lo stile di vita del sultano, sembra indicare che la ricchezza del Brunei non sia illimitata.
Nel luglio 2002 il Brunei ha ospitato il Regional Forum dell'Association of the Southeast Asian Nations (ASEAN), nel quale i 10 Stati membri e gli USA si sono formalmente impegnati a «prevenire, smembrare e combattere» il terrorismo globale.
Il governo ha avviato un programma per sviluppare i settori industriali privati non legati al petrolio anche grazie alla promozione di investimenti stranieri. Le preferenze vanno all'industria alimentare e a tutte le attività produttive ottenute mediante risorse locali da destinarsi sia al mercato interno sia all'esportazione.
Nel settembre 2004, dopo 21 anni di chiusura, il sultano del Brunei ha riaperto il parlamento, anche se va detto che i suoi 21 membri sono stati tutti selezionati con cura.
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