L'Azerbaigian è abitato da almeno 3000 anni, forse anche da molto più tempo. A Baku e dintorni sono stati scoperti degli insediamenti databili all'età del bronzo. Gli sciiti si stabilirono nella zona nel IX secolo a.C., seguiti dai medi, seguaci dello zoroastrismo. Duecento anni dopo, i persiani achemenidi conquistarono metà del paese, ma furono sconfitti dai greci nel 330 a.C.
A partire dal I secolo d.C., la zona passò sotto il controllo dei romani, ma dopo il III secolo ci fu un ritorno dei persiani. Nel VII secolo il paese fu invaso00 dagli arabi, la cui dominazione, interrotta dalla conquista mongola del XIII secolo, durò fino al XV secolo, quando ritornarono i persiani con la casa dei Safawidi.
Nel 1813 ebbe fine un conflitto tra tre contendenti (Russia, Turchia e Persia) che si concluse con la divisione dell'Azerbaigian tra Russia e Persia lungo il fiume Aras. Durante il periodo della dominazione, l'Azerbaigian fornì alla Russia petrolio grezzo, prodotti chimici, prodotti tessili, cibo e vino, cosicché l'economia azera crebbe proporzionalmente a quella russa. Tuttavia, benché fornisse sempre meno petrolio lavorato all'URSS, l'Azerbaigian rimase, per tutto il XX secolo, un grande produttore di petrolio grezzo e di prodotti tessili.
L'Azerbaigian godette di un breve periodo di indipendenza tra il 1918 e il 1920, quando, occupato dall'armata rossa, il paese fu proclamato repubblica sovietica (e in seguito, nel 1936, repubblica federale insieme all'Armenia e alla Georgia). Nel 1924, l'URSS creò la provincia autonoma di Nagorno-Karabakh, che a quei tempi era virtualmente tutta armena (e quindi cristiana), all'interno della Repubblica dell'Azerbaigian, ponendola sotto il controllo degli azeri. I sovietici sciolsero la repubblica federata nel 1936, ma mantennero le tre repubbliche all'interno della loro orbita di influenza. Dopo il breve periodo di occupazione sovietica dell'Iran settentrionale, durante la seconda guerra mondiale, il governo iraniano represse il nascente movimento indipendentista locale delle etnie dell'Azerbaigian.
Gli armeni del Nagorno-Karabakh erano da tempo insofferenti al dominio dell'Azerbaigian; il conflitto esplose nel 1988 e raggiunse il suo picco più alto dopo la dichiarazione d'indipendenza dell'Azerbaigian, nell'ottobre del 1991. Gli attacchi armeni ai cittadini azeri nella regione provocarono una serie d'interventi da parte delle forze armate dell'Azerbaigian. L'esercito dell'Azerbaigian subì diverse sconfitte che portarono alle dimissioni di due presidenti. Nel 1993, il conflitto aveva già causato migliaia di morti e circa un milione di profughi.
Un cessate il fuoco proclamato nel 1994 evitò ulteriori spargimenti di sangue, ma nel 1999 il conflitto non era ancora stato risolto. Il Nagorno-Karabakh si dichiarò repubblica e si mostrò poco propenso a restituire parte dei territori all'Azerbaigian, tra cui la stretta striscia di terra che unisce Karabakh all'Armenia vera e propria.
L'altra grave preoccupazione dell'Azerbaigian era, e rimane, il petrolio. Si ritiene che la regione del Mar Caspio contenga circa 100 miliardi di barili di petrolio e quasi altrettanti di gas naturale, e l'Azerbaigian rivendica il suo diritto su buona parte di essi.
La Compagnia Statale del Petrolio dell'Azerbaigian ha passato la maggior parte degli anni '90 a stipulare accordi a destra e sinistra con le compagnie straniere per l'esplorazione e la produzione. Come conseguenza, Baku si è guadagnata l'appellativo di città industriale, con le prime chiazze di petrolio comparse sulla riva nel 1997.
La democrazia rimane una specie protetta in Azerbaigian: il Nuovo Partito dell'Azerbaigian del presidente Heydar Äliyev vinse senza problemi le elezioni politiche del novembre 1995, le elezioni presidenziali dell'ottobre 1998, le elezioni amministrative del dicembre 1999 e le elezioni politiche del 2000, ma gli osservatori internazionali denunciarono pesanti brogli. Dopo le elezioni del 2003, è salito alla presidenza dell'Azerbaigian il figlio di Heyday, Ilham Äliyev, ma anche questa volta sono stati denunciati brogli elettorali.
Per gli operatori occidentali, che hanno investito miliardi di dollari nella costruzione dell'oleodotto tra Turchia e Georgia, la stabilità del paese non ha prezzo. La linea è finalmente entrata in funzione nel 2006, dopo un infinito strascico di polemiche. Anche se è costata molto più del previsto, si prevede che servirà all'Azerbaigian ad espandere la propria economia e a esportare risorse petrolifere. Una seconda linea è in fase di costruzione. Fino al 2004, tuttavia, questa nazione ha occupato stabilmente la top 10 dei paesi più corrotti secondo Transparency International. Le fonti più ottimiste parlano di un miglioramento negli ultimi anni.
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