La storia del Bahrain risale alle origini della civiltà umana. Si ritiene che l'isola principale si sia staccata dall'Arabia continentale intorno al 6000 a.C.; quasi certamente era abitata dall'uomo fin dall'epoca preistorica. L'arcipelago fece il suo ingresso nella storia del mondo nel III millennio a.C. come sede dell'impero commerciale di Dilmun. L'impero Dilmun, con la sua cultura dell'età del bronzo che sopravvisse per circa 2000 anni, trasse vantaggio dalla posizione strategica delle isole, situate lungo le rotte commerciali che collegavano la Mesopotamia con la valle dell'Indo. In una regione che stava gradualmente diventando sempre più arida, Dilmun, con la sua vegetazione lussureggiante, divenne nella mitologia sumera, l'antica civiltà che prosperò nell'attuale Iraq meridionale, un'isola sacra. Dilmun era considerata allo stesso modo anche dai babilonesi: la loro epopea di Gilgamesh descrive l'isola come un paradiso in cui gli eroi possono godere della vita eterna. Alcuni studiosi hanno formulato l'ipotesi che il Bahrain potesse essere il luogo dove sorgeva il biblico Giardino dell'Eden.
Dopo molti secoli, l'impero Dilmun attraversò una fase di declino e venne assorbito dagli imperi degli assiri e dei babilonesi. I greci arrivarono in Bahrain intorno al 300 a.C. e chiamarono l'isola Tylos. Per circa 600 anni il Bahrain rimase sotto l'influenza ellenica. Dopo aver sperimentato il cristianesimo, lo zoroastrismo e il manicheismo, nel VII secolo la maggior parte degli abitanti delle isole accettò l'invito personale del profeta Maometto a convertirsi all'Islam.
Dopo una serie di governatori musulmani, all'inizio del XVI secolo il Bahrain fu conquistato dai portoghesi, che utilizzarono le isole come porto legato al commercio delle perle e come base militare. Nel 1602 il governatore portoghese commise un errore che si rivelò fatale, giustiziando il fratello di uno dei commercianti più ricchi dell'isola, Rukn El-Din, che in seguitò guidò una rivolta che costrinse gli europei a lasciare il paese. In seguito le isole entrarono a far parte dell'impero persiano, ma questa unione ebbe bruscamente fine con l'arrivo del clan Al-Khalifa, la famiglia che ancora oggi guida il Bahrain.
Negli anni compresi tra il 1830 e il 1840 il Bahrain firmò il primo di una lunga serie di trattati con la Gran Bretagna, che offriva al paese la protezione navale dagli attacchi dei turchi ottomani in cambio del libero accesso al Golfo. Questo accordo mantenne la Gran Bretagna fuori dalle questioni interne del Bahrain fino al 1869, quando una serie di terribili disordini la spinse a imporre la propria scelta per il nuovo emiro. Il petrolio venne scoperto nel 1902, ma i lavori di estrazione e lavorazione su vasta scala non ebbero inizio fino agli anni '30, proprio nel momento in cui il mercato mondiale delle perle cominciava a perdere importanza. Il denaro ricavato dal petrolio apportò grandi miglioramenti nel campo dell'istruzione e della sanità, oltre a interessare sempre più gli inglesi. Nel 1935 la principale base navale britannica della regione venne trasferita in Bahrain e, nel 1946, anche l'autorità principale britannica nel Medio Oriente si trasferì sull'isola.
Un altro segno dell'influenza britannica fu il lungo incarico di Charles Belgrave, che arrivò in Bahrain nel 1926 come consigliere dell'emiro e vi rimase per oltre trent'anni. Belgrave collaborò all'organizzazione del sistema d'istruzione dell'isola e si dedicò allo sviluppo delle infrastrutture del paese. Quando salì al trono nel 1942, l'emiro Isa bin Salman Al-Khalifa investì sull'elevato livello di sviluppo del Bahrain per trarre vantaggio dal boom del petrolio che stava avvenendo in Arabia Saudita e in altri paesi del Golfo e fece del Bahrain il centro commerciale principale del Golfo. L'ondata di nazionalismo arabo che investì la regione negli anni '50 provocò il sorgere di un forte sentimento antibritannico. Nel 1956, durante la crisi di Suez, si verificarono alcune sommosse e la Gran Bretagna inviò il suo esercito nel paese. Quindici anni più tardi, la Gran Bretagna annunciò di voler lasciare il Golfo e il Bahrain proclamò l'indipendenza il 14 agosto del 1971.
Durante gli anni '70 e '80 il Bahrain attraversò una fase di enorme crescita, dovuta al rincaro dei prezzi del petrolio. La rivoluzione iraniana causò una serie di dimostrazioni violente a favore dell'Iran tra la fine del 1979 e l'inizio del 1980, ma il fondamentalismo islamico non riuscì a prendere piede nel paese. Nonostante il calo economico che investì il Golfo alla fine degli anni '80, il Bahrain rimase un paese tranquillo e prospero grazie ai suoi sforzi di diversificazione economica. Nella seconda metà degli anni '80 il principale cantiere navale del paese fu in continua attività, impegnato a riparare i carri armati danneggiati durante la guerra Iran-Iraq. Nel 1986, l'apertura della King Fahd Causeway (strada rialzata) tra il Bahrain e l'Arabia Saudita diede un forte impulso agli affari e al turismo.
Gli anni '90 videro il Bahrain indebolito da minacce esterne e lotte interne. Anche se l'attacco con un missile Scud ordinato da Saddam Hussein durante la guerra del Golfo non provocò danni (il missile cadde in mare), i rapporti tra i due paesi si deteriorarono notevolmente. A metà degli anni '90, il rifiuto dell'emiro di portare avanti riforme democratiche causò alcune violente dimostrazioni. Alla fine degli anni '90 il Bahrain collaborò con la missione ONU di monitoraggio dell'Iraq, anche se i rapporti tra il Bahrain e i militari statunitensi si fecero tesi in seguito alla costruzione di numerose basi militari USA nel Golfo, avvenuta all'inizio del 1998. A Manama, il 31 dicembre 2000, Bahrain, Arabia Saudita, Kuwait, Qatar, Oman e Emirati Arabi Uniti sottoscrissero un accordo di reciproca difesa, mediante un sistema di allerta e di intercettazione missilistica, per prevenire attacchi da parte dell'Iran o dell'Iraq.
Il referendum del febbraio 2001, che ha permesso alle donne di votare per la prima volta, ha comportato il ristabilimento di un regime costituzionale per lo stato, la separazione dei poteri e la trasformazione dell'emirato in regno. Il referendum costituzionale è stato approvato con il 98,4% dei voti validi.
A causa di minacce di attentati terroristici l'ambasciata americana a Manama è stata chiusa dal 10 all'11 settembre 2002.
Per assicurare stabilità alla regione ed evitare la guerra, il monarca Hamad bin Isa Al-Khalifa ha offerto ospitalità a Saddam Hussein, con ogni dignità e senza alcuna conseguenza negativa per l'Iraq. Ma l'invito non è stato accolto.
Il 21 maggio 2004 la polizia ha caricato la folla di manifestanti indignati per le operazioni militari americane nelle città sante di Najaf e Karbala. Il sultano ha rimosso dall'incarico il ministro degli Interni (in carica dal 1974), esprimendo il legittimo diritto dei cittadini del Bahrain di esprimere la propria rabbia contro la profanazione dei luoghi sacri. La famiglia reale sunnita convive con una forte comunità sciita che ne ha contestato, in passato, la legittimità. Il Bahrain è sede del comando della flotta statunitense nel golfo Persico.
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