Le civiltà precolombiane si svilupparono sulla costa del Pacifico, su quella dell'Atlantico e in molte zone della regione andina. Tra le più interessanti vanno ricordate le seguenti: Tayrona, Sinú, Muisca, Quimbaya, Tierradentro e San Agustín. Di molte tribù rimangono manufatti, soprattutto in oro e terracotta; di altre sono testimonianza le camere funerarie e le pitture rupestri, che hanno consentito agli antropologi di ricostruire la loro civiltà.
Nel 1499 Alonso de Ojeda, compagno di viaggio di Cristoforo Colombo, approdò sulla penisola di Guajira. La ricchezza degli indios del luogo diede vita al mito dell'El Dorado, e le coste dell'attuale Colombia diventarono meta di numerose spedizioni. In un primo momento, gli indios tollerarono i conquistatori ma, quando gli spagnoli tentarono di ridurli in schiavitù e di impossessarsi della loro terra, insorsero. In breve tempo, gli spagnoli conquistarono un'ampia porzione del territorio, mentre molte città, inclusa Cartagena (fondata nel 1533) prosperavano. Nel 1544, il paese fu annesso al vicereame del Perú e nel 1739 la Colombia divenne parte di Nueva Granada (che comprendeva i territori di ciò che oggi corrisponde a Colombia, Venezuela, Ecuador e Panamá).
Verso la fine del XVIII secolo la schiavitù, il monopolio dei commerci, le tasse e le dogane diedero origine a movimenti di protesta. Fu proprio in questo periodo che si registrarono le prime rivolte indipendentiste, ma l'indipendenza venne raggiunta solo nel 1819, con l'arrivo del liberatore Simon Bolívar e del suo esercito. Dopo dieci anni di difficile convivenza Venezuela ed Ecuador, che, insieme a Panamá, erano entrati a far parte della Federazione della Grande Colombia, giunsero alla rottura dell'unione.
Le correnti politiche nate durante la lotta per l'indipendenza vennero formalizzate nel 1849, con la fondazione di due partiti politici (dominati dall'élite creola): i Conservatori, con tendenze centraliste e rappresentanti dei proprietari terrieri, della chiesa e dell'esercito, e i Liberali, sostenitori del federalismo ed espressione della borghesia laica. I partiti divisero il paese in accampamenti di partigiani che avrebbero in seguito dato vita a una serie di insurrezioni, rivolte e guerre civili. Durante il XIX secolo, il paese visse non meno di 50 rivolte e 8 guerre civili, culminate nella sanguinosa guerra dei mille giorni del 1899.
Dopo un periodo relativamente pacifico, la lotta fra Conservatori e Liberali esplose nuovamente nel 1948 con La Violencia, la più cruenta e terribile delle numerose guerre civili colombiane. Dopo il conflitto, durante il quale si registrarono quasi 300.000 morti, i Conservatori cercarono di consolidare il proprio potere. Entrambi i partiti presero poi la decisione di sostenere un colpo di stato militare come estremo rimedio per mantenere il potere e operare un controllo sul crescente numero di bande di ribelli presenti nelle aree rurali. Il colpo di stato, realizzato dal generale Gustavo Rojas nel 1953, rappresenta l'unico intervento militare avvenuto in Colombia nel corso di questo secolo. Tuttavia, l'iniziativa militare non ebbe lunga vita e il tentativo fallì definitivamente nel 1957, quando i Liberali e i Conservatori decisero di dividersi il potere con un accordo politico sancito da un emendamento costituzionale (questo accordo prese il nome di Fronte Nazionale).
Il Fronte Nazionale decadde nel 1974, con l'elezione del liberale Alfonso López Michelsen a presidente del paese. Ad ogni modo, però, una versione modificata del Fronte Nazionale continuò per altri 17 anni. Nel frattempo, questo monopolio politico incoraggiò la nascita di una serie di gruppi di guerriglia di orientamento marxista: l'esercito per la liberazione nazionale (ELN), le forze armate rivoluzionarie della Colombia (FARC) e il Movimento 19 aprile (M19). Questi gruppi non riuscirono a far cadere il governo, ma arrivarono a controllare intere regioni del paese.
Un'altra costante minaccia alla sicurezza era la nascita di squadroni della morte paramilitari che, indipendentemente dal credo politico, combattevano contro qualsiasi gruppo si opponesse all'operato dei cartelli della droga di Medellín e Cali. Nel 1990 un'escalation di violenza, che coinvolse anche alcuni membri della classe politica di governo, minacciò di paralizzare il paese. Nel 1991 venne approvata una nuova costituzione che conferiva maggiori poteri giudiziari e poteri di controllo al governo. Nel giugno di quello stesso anno Pablo Escobar, leader del cartello di Medellín, sospettato di essere l'ideatore della cruenta campagna di terrore, fu arrestato. L'anno dopo riuscì a fuggire, ma fu individuato e ucciso nel dicembre 1993.
Oggi, il narcotraffico è in continua crescita (grazie all'attività del cartello di Cali) e si stima che il fatturato annuale del commercio clandestino si aggiri intorno ai US$20 miliardi all'anno. Nel giugno 1995 l'arresto del leader del cartello di Cali Gilberto Rodríguez Orejuela costituì il fiore all'occhiello del governo colombiano, ma non alterò la dinamica del traffico di droga. Persino il presidente di allora, Ernesto Samper, ha dovuto trascorrere gran parte del suo ultimo anno in carica rispondendo alle accuse di aver usufruito del denaro del narcotraffico per finanziare la sua campagna elettorale. Horacio Serpa, successore di Samper nel partito liberale, ha perso le elezioni presidenziali del giugno 1998 contro il conservatore Andrés Pastrana, che nel 1994 aveva fatto una soffiata sui legami di Samper con il cartello di Cali.
Nonostante la notevole crescita economica dal 1993 al 1996, le cose continuano ad andar male per la Colombia. Secondo il SIPRI, l'Instituto Internacional de Investigaciòn Sobre Paz, i conflitti interni di questo paese sono considerati tra i dieci più sanguinosi nel mondo e nell'ultimo anno sono stati paragonati a quelli della ex-Jugoslavia. Il governo ha sospeso le trattative di pace con i guerriglieri a tempo indeterminato. Nel 2000 gli Stati Uniti hanno stanziato 1,3 miliardi di dollari per sostenere il governo colombiano contro i guerriglieri.
Nell'agosto 2002 il presidente Uribe ha dichiarato lo stato d'emergenza (misura che permette all'esecutivo di legiferare per decreto senza interpellare il parlamento), ma il ministro della giustizia ha assicurato che non saranno sospese le garanzie costituzionali. In questo modo il presidente ha potuto finanziare azioni dirette contro le FARC.
La presa di posizione di Uribe non ha impedito alle FARC di compiere azioni violente e destabilizzatrici, come il sequestro della senatrice Ingrid Betancourt (per saperne di più, consultate il sito www.ingridbetancourt.com).
A metà novembre l'esercito colombiano ha liberato il vescovo Jorge Enrique Jimenez, capo della conferenza episcopale latino-americana, che era stato sequestrato dalle FARC insieme a padre Desiderio Orjuela. I due religiosi erano stati tenuti in ostaggio in una zona denominata Penol, vicino a Tapaipì, non lontano dal luogo del rapimento.
Alla fine di dicembre l'ambasciata italiana, quella britannica e il consolato statunitense in Colombia sono state chiuse per precauzione dopo che altre sedi diplomatiche erano state raggiunte da non meglio precisate minacce.
La storia della Colombia, in conclusione, è quella di paese da sempre dilaniato da conflitti interni e esterni. Il riavvicinamento tra il presidente Uribe e il governo del Venezuela, dopo la crisi che nel gennaio del 2005 sembrava aver compromesso i rapporti tra i due paesi, ha comunque riportato un po' di ottimismo.
Alle elezioni legislative del marzo 2006 la coalizione che sostiene il presidente Alvaro Uribe ha ottenuto uno schiacciante consenso, aggiudicandosi la maggioranza assoluta dei seggi.
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