Nel 229 a.C. le popolazioni illiriche native della Croazia dovettero cedere i propri territori all'impero romano. Nel 285 d.C. l'imperatore romano Diocleziano fece costruire a Spalato il proprio palazzo-fortezza, che è il più grande edificio romano ancora esistente in Europa orientale. L'impero romano d'Occidente crollò nel V secolo e all'inizio del VIl secolo le tribù slave migrarono in Croazia arrivando dalla regione che corrisponde attualmente alla Polonia. La tribù dei croati si stanziò in quelle che un tempo erano state le province romane della Dalmazia e della Pannonia, a nord-est. Le due province vennero unite nel 925 in un unico regno che prosperò fino al XII secolo.
Nel 1242 la Croazia venne devastata da un'invasione dei tatari. Nel XVI secolo, mentre i turchi minacciavano di impadronirsi dei Balcani, la Croazia settentrionale si rivolse agli Asburgo d'Austria per avere protezione e rimase sotto la loro influenza fino al 1918. Nel frattempo la costa dalmata veniva conquistata da Venezia agli inizi del XV secolo e rimase nella sua sfera d'influenza fino alla fine del XVII secolo, quando cadde nelle mani della Francia napoleonica e divenne parte delle province illiriche insieme all'Istria e alla Slovenia.
La rinascita della vita culturale e politica croata ebbe inizio nel XIX secolo, allorché fu abolita la servitù della gleba e, con il compromesso austro-ungarico, la Croazia settentrionale fu assegnata all'amministrazione ungherese, che le concesse un certo grado di autonomia locale. L'impero austro-ungarico uscì sconfitto dalla prima guerra mondiale e la Croazia entrò a far parte del regno dei serbi, dei croati e degli sloveni, il cui nome fu abbreviato in Iugoslavia nel 1929. I nazionalisti croati non accettarono che la capitale dell'unione venisse stabilita a Belgrado e nel 1934 per protesta assassinarono il re Alessandro.
Nel 1941 la Germania invase la Iugoslavia e instaurò a Zagabria il governo fantoccio degli ustascia, di orientamento fascista. Gli ustascia infierirono sui serbi e sulle altre minoranze, offrendo uno dei primi esempi di 'pulizia etnica' della regione con lo sterminio di circa 350.000 persone fra serbi, ebrei e zingari. Non tutti i croati concordavano con una simile politica e molti si unirono ai partigiani comunisti che lottavano per scacciare il regime degli ustascia. Alla fine della seconda guerra mondiale circa un milione di persone aveva perso la vita in Croazia e in Bosnia-Erzegovina.
Nel dopoguerra fu assicurato alla Croazia lo status di repubblica nell'ambito della federazione iugoslava, di ispirazione comunista, governata dal maresciallo Tito. Nel corso degli anni successivi il paese superò ampiamente in termini economici le altre repubbliche poste più a sud e iniziò a chiedere una maggiore autonomia rispetto al potere federale, ma a queste richieste il governo si oppose duramente. Nel 1980 morì Tito e fu messa in piedi una ridicola struttura di potere in base alla quale di anno in anno la presidenza della federazione veniva assegnata a rotazione fra tutte le repubbliche. L'economia croata entrò in una fase di crisi.
Sul finire degli anni '80 la dura repressione a danno della maggioranza albanese in Kosovo destò in molti il timore che la Serbia volesse imporre la propria posizione egemone all'intera federazione iugoslava. Mentre i governi comunisti dell'Europa orientale crollavano uno dopo l'altro, i croati iniziarono a chiedere a gran voce l'indipendenza e la fine del regime comunista. Nel 1990 l'Unione Democratica Croata di Franjo Tudjman vinse le elezioni. Fu promulgata una nuova costituzione in base alla quale i serbi della Croazia passavano dalla loro condizione di 'nazione costituente' a quella di minoranza. La nuova costituzione non tutelava i diritti dei serbi e molti di essi, che erano impiegati nella pubblica amministrazione, persero il lavoro.
Nel giugno 1991 la Croazia proclamò la propria indipendenza dalla federazione serba mentre l'enclave serba della Krajina si dichiarava a sua volta indipendente dalla Croazia. Scoppiarono violenti scontri in tutto il paese e l'esercito iugoslavo, dominato dai comunisti serbi, intervenne a sostegno della minoranza serba della Croazia. Quando la situazione si fece particolarmente spinosa, la Croazia accettò di 'congelare' per tre mesi la propria dichiarazione d'indipendenza. Ciò nonostante i combattimenti non si arrestarono e un quarto della Croazia cadde nelle mani delle milizie serbe e dell'esercito federale. Nell'ottobre 1991 l'esercito federale attaccò Dubrovnik e bombardò il palazzo presidenziale di Zagabria: questo gesto indusse l'Unione Europea a decretare una serie di sanzioni a danno della Serbia. Nel novembre dello stesso anno Vukovar cadde nelle mani dei serbi dopo un assedio di tre mesi. In sei mesi di conflitto morirono 10.000 persone, centinaia di migliaia furono costrette a fuggire e decine di migliaia di case vennero distrutte.
Dopo una serie di cessate il fuoco che non condussero ad alcun risultato utile, nel gennaio 1992 le Nazioni Unite dislocarono una forza di protezione nella parte di Croazia controllata dai serbi. L'esercito federale si ritirò e nel maggio 1992 la Croazia venne ammessa alle Nazioni Unite, dopo aver apportato una modifica alla costituzione al fine di tutelare le minoranze etniche e il rispetto dei diritti civili. In Krajina i gruppi paramilitari serbi mantenevano tuttavia il controllo della situazione e nel gennaio 1993 l'esercito croato sferrò un attacco contro la regione. La Krajina reagì proclamando la formazione di una repubblica indipendente e e dislocando quasi il 98% della sua popolazione croata. Nel 1994 la Krajina firmò un cessate il fuoco, ma nel maggio 1995 scoppiarono nuovi scontri. La Krajina perse l'appoggio di Belgrado e le forze croate invasero la regione facendo fuggire circa 150.000 serbi, molti dei quali lasciavano città in cui i loro antenati avevano vissuto per secoli.
L'accordo di Dayton, siglato nel dicembre 1995, portò finalmente una certa stabilità al paese, anche se ancora oggi vi sono migliaia di profughi che vivono in attesa di sapere quale sarà il loro destino mentre il governo deve affrontare i problemi costituiti dagli ex combattenti ormai privi di un'occupazione, dai profughi croati giunti da altre parti della federazione e dai danni gravissimi che il conflitto ha inferto alle infrastrutture del paese. Nonostante queste gravi questioni, la Croazia è riuscita a rimediare a una grande quantità di danni inferti dalla guerra (in tal senso il restauro di Dubrovnik è un esempio particolarmente significativo) e i turisti stanno cominciando a tornare.
Il presidente Franjo Tudjman è morto nel dicembre 1999, e nel gennaio 2000 la sua Unione Democratica Croata, che aveva governato sino al 1990, è stata fortemente osteggiata dall'opposizione di centro-sinistra. Il carismatico Stjepan Mesic' è stato eletto presidente. Il nuovo governo ha promesso di migliorare le relazioni internazionali, la libertà di stampa e la situazione economica.
Nel luglio 2002 Mesic' ha per la prima volta incontrato, dalla fine della guerra, i presidenti di Bosnia e Iugoslavia per confrontarsi sul rimpatrio dei rifugiati, sulla lotta contro la criminalità organizzata e per attuare piani di reciproco aiuto economico.
Al vertice di Praga per l'allargamento della NATO ai paesi della ex cortina di ferro, tenutosi il 21 novembre 2002, la Croazia non ha presentato in tempo la propria candidatura che, pertanto, non è stata presa in considerazione. Ma non rimarrà esclusa.
Infatti, con la firma della «Carta di partenariato dell'Adriatico», siglata dal segretario di stato americano Colin Powell a Tirana il 2 maggio 2003, si è concluso il negoziato tra Washington e le tre nazioni balcaniche rimaste fuori dall'allargamento della NATO, definito a Praga. La «Carta» accompagnerà Croazia, Albania e Macedonia verso l'ammissione a pieno titolo nell'Alleanza Atlantica.
Negli ultimi anni, l'economia croata è cresciuta, avvicinandosi agli standard europei in previsione di un futuro ingresso del paese nell'Unione Europea. Nel 2005, tuttavia, anche la Croazia ha risentito della sfavorevole congiuntura economica europea, con ricadute negative sul PIL e un aumento dell'inflazione. Nello stesso anno Stjepan Mesic' è stato rieletto ed è stata accettata la candidatura della Croazia quale paese membro dell'Unione Europea.
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