L'arrivo degli slavi nel V e VI secolo segnò l'inizio delle alterne vicende storiche dei cechi. Le tribù si convertirono al cristianesimo e si unirono per formare l' impero della grande Moravia, che comprendeva la Slovacchia occidentale, la Boemia, la Slesia, alcune parti della Germania orientale, la Polonia sudorientale e l'Ungheria settentrionale. L'impero ebbe breve durata (830-906) e verso la fine del IX secolo, i cechi si separarono per costituire lo stato indipendente della Boemia.
Il castello di Praga fu fondato negli anni '70 del IX secolo dal principe Borivoj come sede principale della dinastia dei Premyslidi; il sovrano però riuscì solamente nel 993 a unire le litigiose tribù ceche. Nel 950, l'imperatore tedesco Ottone I conquistò la Boemia e la annettÉ al Sacro Romano Impero. Nel 1212, il Papa riconobbe al principe Ottocaro I il diritto di diventare re. Suo figlio, Ottocaro II, cercò di rivendicare il titolo di imperatore del Sacro Romano Impero e di re dei cechi, ma la corona imperiale andò a Rodolfo d'Asburgo. Il dominio asburgico coincise con l'età d'oro della Boemia. Praga divenne una delle città più grandi e importanti d'Europa, abbellita da splendidi edifici gotici.
Tra la fine del XIV secolo e l'inizio del XV nel paese si impose un influente movimento di riforma religiosa, che diede vita alla rivoluzione hussita, guidata dal ceco Jan Zizka ispirato dagli insegnamenti di Jan Hus. La diffusione della dottrina hussita aveva minacciato l'unità religiosa europea e nel 1420 le forze hussite riuscirono a difendere Praga dalla prima di una serie di crociate indette dal Papa. Pur avendo di fronte truppe più numerose e meglio equipaggiate, gli hussiti andarono ripetutamente all'attacco penetrando in Germania, Polonia e Austria.
Nel 1526 il regno ceco passò nuovamente sotto il controllo dei cattolici Asburgo. Il 23 maggio 1618, gli Stati Boemi, irritati per la perdita dei loro privilegi e per la mancata concessione della libertà religiosa, insorsero, gettando due consiglieri asburgici da una finestra del Castello di Praga (i due se la cavarono riportando ferite non gravi). Questa famosa 'defenestrazione' diede il via alla Guerra dei Trent'anni, che per i cechi comportò la perdita dei loro diritti, delle loro proprietà e quasi della loro identità nazionale, a causa della forte pressione cattolica e di una germanizzazione forzata. Per i successivi tre secoli il loro destino fu segnato.
Nel XIX secolo, Boemia e Moravia furono attraversate da nuovi sentimenti nazionalistici. I cechi si unirono alle rivoluzioni europee del 1848 e Praga fu la prima città dell'impero austriaco a ribellarsi per ottenere le riforme. Il sogno di uno stato indipendente cominciò a realizzarsi durante la I guerra mondiale. Alla fine, cechi e slovacchi si accordarono per formare un unico stato federale formato da due repubbliche con pari diritti. La Prima repubblica conobbe inizialmente un boom industriale, ma il lento sviluppo, la Grande depressione, l'influsso non propriamente benefico dei burocrati cechi e il mancato rispetto della promessa di costituire uno stato federato slovacco sfociarono nella richiesta dell'autonomia da parte degli slovacchi.
Alla Cecoslovacchia non fu concesso di risolvere i suoi problemi in tempo di pace. Gran parte dei 3 milioni di madrelingua tedeschi che vivevano in Boemia cullavano il sogno di una grande Germania. Hitler chiese (e ottenne) la regione dei Sudeti attraverso l'infame accordo di Monaco del 1938 e i cechi si prepararono alla guerra. Sebbene Boemia e Moravia avessero avuto pochi danni materiali durante la guerra, gran parte dell'intellighenzia ceca fu uccisa e i tedeschi si impegnarono per eliminare gran parte del patrimonio culturale ceco. Decine di migliaia di ebrei cechi e slovacchi morirono nei campi di concentramento. Il 5 maggio 1945, la popolazione di Praga insorse contro i nazisti mentre da est si avvicinava l'Armata Rossa. I tedeschi, cui la vittoriosa resistenza ceca concesse di uscire dalla città, cominciarono a ritirarsi l'8 maggio. Gran parte di Praga fu così liberata prima che le forze sovietiche arrivassero il giorno successivo.
La Cecoslovacchia tornò ad essere uno stato indipendente. I tentativi di consolidare l'identità culturale del paese - e di punire i suoi oppressori - portarono a massicce deportazioni di tedeschi e ungheresi. Nelle elezioni del 1946, i comunisti ottennero la maggioranza con il 36% dei voti. Gli anni '50 furono un periodo di dura repressione e di declino, dal momento che le politiche economiche comuniste mandarono quasi in bancarotta lo stato. Molte persone furono imprigionate e centinaia giustiziate o rinchiuse in campi di lavoro, spesso solo per una vaga adesione a idee democratiche. Negli anni '60 la Cecoslovacchia conobbe una progressiva liberalizzazione. Il nuovo presidente, l'ex leader del partito slovacco Alexander Dubcek, incarnava il desiderio popolare di una democrazia piena e di una fine della censura - un 'socialismo con una faccia umana'. I capi sovietici, incapaci di concepire una società democratica all'interno del blocco comunista, soffocarono la breve vita della 'Primavera di Praga' del 1968 con un'invasione delle truppe del Patto di Varsavia nella notte tra il 20 e il 21 agosto. Alla fine del giorno successivo, 58 persone erano morte. Nel 1969, Dubcek fu destituito ed esiliato nel dipartimento forestale della Slovacchia. Circa 14.000 funzionari del partito e 500.000 tesserati che rifiutarono di rinunciare all'idea di un 'socialismo con una faccia umana' furono espulsi dal partito e persero il lavoro. Il totalitarismo fu ripristinato e i dissidenti furono imprigionati.
Il regime comunista mantenne il controllo del paese dopo la caduta del Muro di Berlino nel 1989, ma il 17 novembre le cose cambiarono. Il movimento dei giovani comunisti praghesi organizzò una dimostrazione in memoria di 9 studenti uccisi dai nazisti nel 1939. Una pacifica folla di 50.000 persone fu intrappolata dalla polizia, che picchiò circa 500 manifestanti e ne arrestò un centinaio. Nei giorni successivi si svolsero continue dimostrazioni e i capi dei dissidenti, guidati da Vaclav Havel, formarono una coalizione anticomunista che negoziò le dimissioni del governo il 3 dicembre. Fu formato un 'governo di di intesa nazionale' con i comunisti come membri di minoranza. Havel fu eletto presidente della repubblica il 29 dicembre e Dubcek presidente dell'assemblea nazionale. I giorni successivi alla rivoluzione del 17 novembre sono passati alla storia con il nome di 'Rivoluzione di velluto' perchÉ non hanno provocato vittime. Nel settembre del 1992 Dubcek rimase seriamente ferito in un incidente stradale nei pressi di Praga, morì il 7 novembre, alimentando i sospetti di un complotto.
Le voci di una possibile autonomia della Slovacchia stavano diventando sempre più insistenti e una minoranza chiedeva l'indipendenza. Infine, fu deciso dai primi ministri delle due repubbliche e da altri importanti uomini politici che la divisione del paese era la soluzione migliore. Molte persone, tra cui il presidente Havel, erano a favore di un referendum, ma neppure una petizione firmata da 1 milione di Cecoslovacchi fu sufficiente a mettere d'accordo il parlamento federale su come effettuarlo. Alla fine, Havel lasciò la sua carica di presidente dal momento che, nonostante ripetuti tentativi da parte del nuovo parlamento, egli non fu rieletto. Il 1° gennaio 1993 la Cecoslovacchia cessò di esistere per la seconda volta in questo secolo. Praga divenne capitale della nuova Repubblica ceca e Havel fu prontamente eletto suo primo presidente.
Grazie a rigorose politiche economiche, al boom del turismo e a una solida base industriale, la Repubblica ceca si sta risollevando. La disoccupazione è bassissima, i negozi sono pieni e molte città vengono restaurate. Il quadro, però, non è tutto così roseo: mancano case a prezzi abbordabili, la criminalità è in forte aumento, l'inquinamento è terribile e il sistema sanitario sta peggiorando.
Nel giugno 2002, la percentuale dei favorevoli all'annessione all'Unione Europea è stata dell'81%. Coloro che erano ostili hanno ottenuto, invece, il 19% dei consensi. La partecipazione al voto è stata intorno al 57%.
Il 1° maggio 2004 la Repubblica ceca è divenuta membro effettivo del'Unione Europea insieme ad altri nove paesi (Cipro, Estonia, Ungheria, Lettonia, Lituania, Malta, Polonia, Repubblica slovacca, Slovenia).
Le elezioni di giugno per il rinnovo del Parlamento europeo hanno fatto registrare un forte calo dei cristiano democratici (9,6%) e dei socialdemocratici (8,8%) al governo; il Partito comunista ha ottenuto il 20,3%; sale al 30% delle preferenze il Partito democratico civico, all'opposizione.
Il 25 aprile 2005, dopo un periodo piuttosto travagliato dal punto di vista politico, il presidente ceco Vaclav Klaus ha incaricato a Praga l'ex ministro Jiri Paroubek (del partito socialdemocratico Cssd) di formare il nuovo governo. Le basi del nuovo governo, tuttavia, non sembrano molto stabili e i prossimi mesi potrebbero riservare ulteriori sorprese e cambiamenti.
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