Le prime notizie storiche sul Goa risalgono al III secolo a.C., quando faceva parte dell'impero dei Mayrya. All'inizio dell'era cristiana fu governato dai Satavahana di Kolhapur. Dal 580 al 750 d.C. fu sotto il controllo dei Chalukya di Badami. Il Goa cadde in mano dei musulmani per la prima volta nel 1312, ma gli invasori furono cacciati nel 1370 da Harihara I dell'impero dei Vijayanagar, che aveva per capitale Hampi. Durante i successivi 100 anni, i porti del Goa divennero importanti luoghi di scalo per le navi cariche di cavalli arabi destinati a Hampi, dov'era di base la cavalleria dei Vijayanagar.
Grazie ai suoi porti naturali e ai suoi larghi corsi d'acqua, il Goa rappresentava una base ideale per i navigatori portoghesi, che giunsero nella regione nel 1510 con lo scopo di controllare il traffico delle spezie che giungevano dall'oriente e di diffondere la religione cristiana. I missionari gesuiti, guidati da Francesco Saverio, giunsero a Goa nel 1542. Intorno alla metà del XVI secolo, il controllo dei portoghesi si era esteso al di là di Old Goa fino a comprendere le province di Bardez e Salcete.
L'età dell'oro della colonia portoghese giunse con l'estromissione dei turchi dal controllo delle vie mercantili dell'Oceano Indiano e dal commercio delle spezie. La colonia divenne la sede del viceré dell'impero portoghese orientale, impero che comprendeva anche diverse città portuali dell'Africa orientale, Timor Est e Macao. Ma nel XVII secolo la concorrenza di inglesi, francesi e olandesi, unita all'incapacità dei portoghesi a mantenere il controllo sul loro vasto impero, portò alla decadenza della colonia. I Maratha furono ad un passo dallo sconfiggere i portoghesi verso la fine del XVIII secolo; mentre le guerre napoleoniche infuriavano in Europa, gli inglesi occuparono Goa per un breve periodo. In realtà la dominazione del Portogallo durò ancora a lungo: i portoghesi riuscirono a mantenere la colonia fino al 1961, anno in cui furono cacciati dall'esercito indiano.
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