I primi abitanti del Giappone erano cacciatori e pescatori giunti dalla Corea, a ovest, e dalla Siberia, a nord, attraversando dei ponti di terra che allora collegavano questa regione al continente asiatico; si ritiene che a queste genti si siano aggiunti popoli migrati via mare dalla Polinesia. Il regno di Yamato, che praticava il culto del sole, riuscì nel 300 d.C., tramite conquiste e alleanze, a unire la nazione. Nella metà del VI secolo venne introdotto dalla Cina il buddhismo, che presto diventò la religione di stato ma entrò in conflitto con lo shintoismo, la religione tradizionale del Giappone, quando le divinità shintoiste iniziarono a essere presentate come manifestazioni del Buddha.
Assicurata all'impero una relativa stabilità, gli imperatori del Giappone iniziarono a dedicarsi maggiormente al tempo libero e allo studio e meno al governo. Molte posizioni importanti a corte erano occupate dai membri dei Fujiwara, una famiglia nobile ma corrotta. Nelle province iniziò a emergere il potere dei samurai, la 'classe dei guerrieri', che non esitò a prendere le armi per difendere la propria autonomia, entrando in conflitto con la capitale Heian (l'odierna Kyoto). Il clan dei Taira soppiantò la famiglia Fujiwara ma fu a sua volta spodestato dai Minamoto nel 1185. Dopo aver assunto il ruolo di shogun (capo militare), Minamoto Yoritomo stabilì il proprio quartier generale a Kamakura, mentre a Kyoto l'imperatore mantenne la carica di sovrano. Ciò segnò l'inizio di un lungo periodo di dominio feudale da parte delle famiglie samurai successive, che terminò solo con la restaurazione del potere imperiale nel 1868.
I secoli del potere feudale possono essere approssimativamente divisi in cinque periodi principali. Il periodo di Kamakura (1185-1333) fu caratterizzato da ripetute invasioni delle armate mongole di Kublai Khan. Il Giappone riuscì a respingere i Mongoli, ma la classe dirigente, indebolita, perse il sostegno dei guerrieri. Il periodo di Muromachi (1333-1576) ebbe inizio con l'imperatore Go-Daigo, che regnò fino a quando una rivolta guidata dal guerriero Ashikaga lo costrinse a rifugiarsi sulle alture. Ashikaga e i suoi discendenti regnarono con sempre minore efficacia e il Giappone scivolò verso la guerra civile e il caos. Le varie fazioni furono pacificate e unificate durante il periodo di Momoyama (1576-1600) da Nobunaga e dal suo successore Hideyoshi. La rapida diffusione del cristianesimo, avvenuta durante il secolo cristiano (1543-1640), fu inizialmente tollerata, ma in seguito venne ferocemente repressa quando la nuova religione iniziò a essere considerata una minaccia. Durante il periodo dei Tokugawa (1600-1867), Tokugawa Ieyasu sconfisse il giovane erede di Hideyoshi e stabilì il proprio quartier generale a Edo (l'odierna Tokyo), mentre l'imperatore continuò a esercitare un'autorità puramente formale a Kyoto. Con la famiglia Tokugawa il Giappone entrò in un periodo di isolamento: ai Giapponesi fu vietato di recarsi all'estero e di commerciare con gli altri paesi e gli stranieri furono sottoposti a una rigida sorveglianza. Fu in questo periodo che venne affermata l'importanza di sottomettersi in modo assoluto alle regole dell'obbedienza e della fedeltà, aspetto ancora presente nella mentalità giapponese odierna.
Alla fine del XIX secolo il corrotto governo dei Tokugawa aveva ormai condotto il paese a una fase di ristagno. Le navi straniere iniziarono a forzare l'isolamento del Giappone, mentre la povertà e le carestie minavano il sostegno popolare al governo. Nel 1867 lo shogun regnante, Keiki, rassegnò le dimissioni e l'imperatore Meiji riassunse il controllo degli affari di stato, avviando il paese verso l'occidentalizzazione e l'industrializzazione. Nel 1889 il Giappone redasse una costituzione di tipo occidentale i cui principi si basavano sulla coscienza nazionale e sul ritorno ai valori tradizionali. La crescente potenza del Giappone fu dimostrata dalla facilità con cui esso vinse la guerra sino-giapponese (1894-1895) e il conflitto russo-giapponese (1904-1905). Con Yoshihito, figlio di Meiji, il Giappone si schierò con gli Alleati nella prima guerra mondiale, ma, invece di farsi coinvolgere troppo nel conflitto, approfittò dell'occasione per espandere a gran velocità la propria economia tramite i commerci. Nel 1926 salì al trono l'imperatore Hirohito e negli anni seguenti la depressione economica mondiale, iniziata nel 1930, alimentò una crescente ondata di nazionalismo. I disordini popolari determinarono l'aumento del potere dei militaristi: nel 1931 il Giappone invase la Manciuria e nel 1937 entrò in conflitto con la Cina.
Nel 1940 il Giappone firmò un patto con la Germania e l'Italia e quando i tentativi diplomatici di ottenere la neutralità degli Stati Uniti fallirono, il 7 dicembre 1941 i Giapponesi sferrarono un attacco a sorpresa a Pearl Harbour. Inizialmente il Giappone ottenne una rapida serie di successi spingendo i fronti della guerra in India, ai margini dell'Australia e nel Pacifico, ma la battaglia di Midway segnò l'inizio del contrattacco statunitense ponendo fine alla superiorità navale giapponese e capovolgendo le sorti della guerra. Nell'agosto del 1945, quando il Giappone si stava ormai ritirando su tutti i fronti, la dichiarazione di guerra dell'Unione Sovietica e il lancio delle bombe atomiche su Hiroshima e Nagasaki misero fine al conflitto. L'imperatore Hirohito annunciò la resa incondizionata e fino al 1952 il Giappone fu occupato dalle forze alleate, che miravano a smilitarizzare il paese e a smantellare il potere dell'imperatore. Grazie a un programma di ripresa, l'economia giapponese si espanse rapidamente e il Giappone diventò il più riuscito esempio di economia basata sull'esportazione, generando una forte eccedenza nella bilancia dei commerci e assumendo una posizione dominante in settori quali l'elettronica, la robotica, l'informatica, la produzione di automobili e le attività bancarie.
Con l'avvento degli anni '90 le vecchie certezze sembrarono svanire. La leggendaria crescita economica del paese rallentò fino a raggiungere un punto di ristagno e nel 1993, dopo 38 anni di predominio, il Partito Liberaldemocratico dovette soccombere a un'ondata di scandali e ritirarsi dal potere (ma vi fece ritorno nello stesso anno). Nel gennaio del 1995, Kobe fu colpita da un grave terremoto e la lenta e confusa reazione del governo gettò un'ombra sulla tanto vantata preparazione del paese per gli eventi sismici. Non più di un paio di mesi dopo i membri di una setta millenarista effettuarono un attentato con gas nervino sulla metropolitana di Tokyo.
Gli osservatori internazionali ritengono che in Giappone siano in atto dei cambiamenti: le forze di mercato e la maggiore consapevolezza dell'elettorato stanno iniziando a mettere in crisi il sistema basato sulla corruzione e sugli accordi sottobanco che ha finora imperato in campo sia economico sia politico. Il ristagno dell'economia, le enormi perdite subite dalle banche giapponesi, il crollo del mercato azionario e l'instabilità regionale hanno messo in crisi l'azienda Giappone; all'inizio del 1998 le banche versavano in condizioni così gravi che il governo degli Stati Uniti è dovuto intervenire con un'operazione di salvataggio. Nella metà dello stesso anno gli elettori hanno reagito alla gravità della situazione economica togliendo sostegno all'LPD.
Le cose hanno cominciato a migliorare con la nomina di Keizo Obuchi, che è subentrato al Primo Ministro Hashimoto, estromesso in seguito al gioco elettorale che si è venuto a creare con lo sviluppo economico a spirale. Obuchi ha rivitalizzato in breve tempo l'economia del paese, ma il lavoro gli ha riservato un duro colpo: è morto, proprio mentre si trovava nel suo ufficio. Il suo successore, Yoshiro Mori, è un altro appartenente a LDP. Anche se Mori è riuscito a resistere alle ribellioni messe in atto dal suo rivale, Koichi Kato, detiene il dubbio onore di possedere il più basso consenso da parte della popolazione di ogni altro leader della storia recente giapponese. Egli ha annunciato le proprie dimissioni nell'aprile 2001. Il suo successore è l'eccentrico Junichiro Koizumi, che propone un allettante mix di nazionalismo e riforme per il Giappone. Promettendo alla nazione la fine della cultura del nepotismo, egli si distingue da tutti i recenti predecessori per aver suscitato grandi aspettative. Il suo programma di governo ha l'obiettivo di ridurre la spesa pubblica, risanare il sistema bancario, alleggerire il carico fiscale. Koizumi procede a piccoli passi ma costanti e, tramite una e-mail settimanale (in due settimane si sono iscritte 1.800.000 persone), spiega agli elettori cosa ha fatto e cosa sta facendo.
I primi segnali di ripresa dell'economia giapponese si sono visti nel settembre 2003 dopo tredici anni di stagnazione.
Koizumi ha sciolto la Camera Bassa del Parlamento e ha convocato le elezioni per il 9 novembre, sette mesi prima della scadenza naturale della legislatura. La coalizione di governo ha conquistato 275 seggi sui 480 della Camera Bassa (dei deputati), mentre il principale partito d'opposizione, il partito Democratico, è cresciuto da 137 a 177 seggi (il partito Liberaldemocratico di Koizumi ne ha ottenuti 237 ma ne aveva in precedenza 247). Il primo ministro rimarrà in carica fino al 2006, continuando la sua politica di riforme (pensioni, privatizzazioni, decentralizzazione) a piccoli passi ma concreti, abituando poco per volta l'elettorato a sentirsi partecipe di riforme in grado di rialzare il paese all'interno di una linea politica stabile e tradizionalmente equilibrata. Nonostante ciò, molti dei vertici del partito di governo e degli uffici governativi, e anche il leader dell'opposizione, hanno dichiarato di aver evaso il pagamento dei contributi pensionistici, scatenando un grosso scandalo.
Per la mancanza di un successore maschio al trono dopo Naruhito, nel gennaio 2004 il governo ha avviato l'iter della modifica della legge di successione imperiale del 1948 che permetterà alla principessa Aiko di diventare imperatrice. Il Giappone ha già avuto otto imperatrici, l'ultima della quali, Go-Sakuramachi, regnò dal 1762 al 1771.
Il gabinetto varato dal premier giapponese Koizumi dovrà affrontare importanti sfide sul piano interno ed internazionale.
A seguito del rimpasto di governo, effettuato dal premier giapponese Junichiro Koizumi il 27 settembre 2004, la nomina a ministro degli esteri è caduta su Nobutaka Machimura. Tra le questioni che Machimura sarà chiamato ad affrontare, vi è la richiesta del suo paese di un seggio permanente all'interno del Consiglio di Sicurezza delle Nazioni Unite. Il traguardo è difficile e il Giappone dovrà superare seri ostacoli per tagliarlo.
Buone notizie, in compenso, arrivano dal fronte finanziario. Dopo un decennio di forte instabilità, il sistema bancario giapponese sembra avere imboccato la via della ripresa.
Nel settembre 2005 il Partito liberaldemocratico (Ldp) del primo ministro Junichiro Koizumi ha vinto le elezioni politiche in Giappone. Il suo partito ha ottenuto 296 seggi contro i 249 dell'ultima legislatura.
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