Gli antenati dei lituani moderni erano i balti, che probabilmente raggiunsero questa zona dal sud-est intorno al 2000 a.C. Nel XII secolo i balti erano divisi in diversi gruppi tribali, che praticavano religioni primitive. I due principali gruppi presenti in Lituania erano i samogiti a ovest e gli aukstaiti a est. In quella che oggi è la Lituania sud-orientale e nelle vicine zone della Polonia si insediarono gli jotvingi, un altro popolo baltico che venne in seguito assimilato dai lituani e dai polacchi.
Intorno alla metà del XII secolo, Mindaugas, capo degli aukstaiti, unificò le tribù lituane per un breve periodo convertendole al cattolicesimo. I sovrani pagani si ribellarono ma vennero nuovamente soggiogati da un altro cristiano, Vytenis, che diventò granduca nel 1290. Suo fratello Gediminas, granduca dal 1316 al 1341, approfittò del declino del primo stato russo per allargare i confini della Lituania a sud e a est. Il nipote di Gediminas, Jogaila, si convertì al cattolicesimo e sposò la principessa erede al trono di Polonia nel 1386, con un accordo tra gli stati che sarebbe dovuto durare 400 anni. Gli aukstaiti vennero battezzati nel 1387 e i samogiti nel 1413, facendo della Lituania l'ultimo paese europeo divenuto cristiano. Alla fine del XVI secolo la Lituania aveva assunto un ruolo secondario nella sua unione con la Polonia, che avvenne formalmente nel 1569 con il Trattato di Lublino. La popolazione della Lituania adottò la cultura e la lingua polacca, i contadini lituani diventarono servi della gleba e l'unione dei due stati venne chiamata Rzeczpospolita ('bene comune').
La Polonia-Lituania cominciò a guardare con interesse alla Livonia (Lettonia) e all'Estonia, così come anche la Svezia e la Russia di Ivan il Terribile. Ivan fu il primo a invadere, dando inizio alla guerra di Livonia che durò 25 anni. La Polonia-Lituania e poi la Svezia impiegarono molti anni per cacciare Ivan e i russi. Quando questo avvenne, nel 1592, la Polonia-Lituania cattolica e la Svezia protestante diedero inizio a un conflitto nei paesi baltici. Gli svedesi vinsero, espandendo il loro dominio sull'Estonia e su gran parte della Lettonia odierna. Il conflitto intanto continuava tra la Polonia-Lituania e la Russia, ma alla fine quest'ultima invase la Rzeczpospolita e ne annesse una buona parte ai suoi territori. Nel XVII secolo, l'espansione della Prussia indebolì ulteriormente la Rzeczpospolita, che venne infine spartita tra Russia, Austria e Prussia. Gran parte della Lituania finì nelle mani dei Russi.
Nel XIX secolo, la Lituania prese parte a due rivolte polacche contro i dominatori russi ma i contadini lituani non vennero liberati che nel 1861. I russi perseguitarono i cattolici, e dal 1864 i libri potevano essere pubblicati in lituano solo se venivano scritti con caratteri russi, mentre le pubblicazioni in polacco furono del tutto vietate. Durante la prima guerra mondiale, la Germania occupò la Lituania, ma l'11 novembre 1918, il giorno in cui i tedeschi si arresero agli Alleati, venne stabilito un governo repubblicano lituano. La questione si complicò ulteriormente con il riemergere della Polonia indipendente. Le truppe polacche presero Vilnius nel 1920 e la occuparono fino al 1939. Nel 1920 la Russia sovietica firmò un trattato di pace con la Lituania riconoscendone l'indipendenza.
La Lituania subì un colpo di stato militare nel 1926 e a partire dal 1929 venne governata da Antanas Smetona, che aveva una linea simile a quella di Mussolini in Italia. Ma il 23 agosto 1939 la Germania nazista e l'URSS firmarono il patto di non aggressione Molotov-Ribbentrop, che vide rientrare la Lituania sotto la sfera di influenza nazista. Quando la Lituania si rifiutò di unirsi all'attacco nazista della Polonia, essa venne passata alla Russia. Vilnius venne restituita alla Lituania nell'ottobre del 1939, quando l'Armata Rossa invase la Polonia orientale e allo stesso tempo la Germania invase la Polonia occidentale. Nell'agosto del 1940, la Lituania si ritrovò occupata dalle milizie sovietiche, governata dai comunisti e di fatto diventò una delle repubbliche dell'URSS. Hitler invase la Lituania nel 1941 e durante l'occupazione nazista quasi tutta la sua popolazione ebrea venne uccisa nei campi di sterminio o nei ghetti. L'Armata Rossa riconquistò la Lituania verso la fine del 1944 e solo alla fine degli anni '80 la nazione cominciò a muovere i primi passi verso l'indipendenza.
In conseguenza alla politica attuata da Mikhail Gorbachov, glasnost (apertura) e perestroika (ristrutturazione), venne formato un fronte popolare, Sajudis ('il movimento'), e fu proprio la Lituania a guidare i paesi del Baltico nella richiesta di indipendenza dall'URSS. Alle elezioni del marzo 1989 per il Congresso dei deputati del popolo, Sajudis vinse 30 dei 42 seggi destinati alla Lituania e nel dicembre dello stesso anno il Partito Comunista lituano prese le distanze dal Partito Comunista dell'Unione Sovietica. Questo fu il primo atto che diede inizio al disgregamento dell'URSS e, con una mossa ugualmente ardita, la Lituania fu il primo paese delle repubbliche sovietiche a legalizzare i partiti non comunisti. Sajudis ottenne la maggioranza alle elezioni per il Soviet Supremo della Lituania del febbraio 1990 e l'11 marzo questa assemblea dichiarò la Lituania una repubblica indipendente.
Per reazione, Mosca portò avanti una serie di manovre militari intimidatorie che durarono settimane e poi impose un blocco economico alla Lituania. Il leader di Sajudis, Vytautas Landsbergis, concesse una moratoria di 100 giorni sulla dichiarazione di indipendenza, in modo che i due governi potessero negoziare le trattative riguardanti l'autonomia del paese. Mosca preferì la linea dura e nel gennaio del 1991 le truppe sovietiche occuparono gli edifici strategici di Vilnius, uccidendo 13 persone nell'atto di distruggere le antenne e le stazioni televisive. Ma con il tentativo di colpo di stato ai danni di Gorbachov, avvenuto a Mosca il 19 agosto 1991, le cose cambiarono e il mondo occidentale finalmente riconobbe l'indipendenza della Lituania; il 6 settembre 1991 venne riconosciuta anche dall'URSS. Il 17 settembre 1991 la Lituania entrò a far parte delle Nazioni Unite e iniziò a godere della propria indipendenza. All'inizio del 1998, le conseguenze della diaspora della Lituania divennero evidenti con l'elezione a presidente di Valdas Adamkus, che passò gran parte della sua vita a Chicago lavorando come esperto dell'Environmental Protection Agency statunitense.
All'apertura del vertice della NATO a Praga, il 21 novembre 2002, i leader dei diciannove paesi membri hanno formalmente invitato a entrare, entro il 2004, nell'Alleanza Atlantica sette paesi che in passato appartennero alla cosiddetta 'cortina di ferro': Bulgaria, Estonia, Lettonia, Lituania, Repubblica slovacca, Romania, Slovenia.
Contro ogni previsione l'ex primo ministro Rolandas Paksas ha vinto nel gennaio 2003, al ballottaggio, le presidenziali con il 54,91% dei voti nonostante al primo turno fosse risultato in netto vantaggio il presidente uscente Valdas Adamkus. Gli obiettivi dichiarati da Paksas erano alzare lo standard del livello di vita e restaurare legge e ordine, puntando verso l'ammissione nella NATO e nell'Unione Europea.
Nel maggio 2003 oltre il 60% della popolazione ha siglato, con un referendum, il trattato di adesione all'Unione Europea e il paese ne è divenuto membro a tutti gli effetti il 1° maggio 2004 insieme ad altri nove paesi: Polonia, Repubblica Ceca, Slovenia, Repubblica slovacca, Ungheria, Estonia, Lettonia, Malta e Cipro. Dal 29 marzo 2004, Lituania, Lettonia ed Estonia appartengono alla NATO.
Tra i problemi più gravi che la Lituania di oggi è chiamata ad affrontare vi è un elevato grado di corruzione in seno alla classe dirigente pubblica. Il caso più significativo degli ultimi anni è rappresentato dalla destituzione del presidente Rolandas Paksas, deposto nel 2004 dalla sua carica in seguito ad accuse di corruzione e di collusione con la mafia russa.
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