Di solito viaggiare all'interno del Mali significa prendere uno dei battelli per passeggeri che percorrono il fiume Niger (oppure una piccola piroga o una pinasse nei tratti più brevi), o servirsi degli autobus e dei taxi de brousse. Gli autobus sono più popolari dei taxi de brousse sulle lunghe percorrenze, dal momento che sono più economici e affidabili; su talune tratte brevi, però, i taxi possono essere l'unico mezzo di trasporto disponibile. L'unico itinerario ferroviario del Mali si snoda tra Bamako e Kayes, mentre esistono diversi voli dall'aeroporto della capitale a varie destinazioni nel paese. Noleggiare un'automobile non è del tutto impossibile, ma potreste avere qualche problema: vi servono anzitutto l'assicurazione e il carnet de passage. Anche il rifornimento di carburante può essere una faccenda complessa.
Numerose compagnie aeree europee fanno servizio per il Bamako Airport. L'aeroporto dista circa 10 km dalla capitale e le tasse d'imbarco variano a seconda della destinazione.
Raggiungere il Mali via terra è sempre possibile, dal momento che questo paese non ha sbocchi sul mare. Con la sola eccezione dell'Algeria, si può arrivare in autobus da qualunque altra direzione: il viaggio è più o meno confortevole a seconda delle condizioni della strada e del periodo dell'anno. I taxi de brousse sono una buona alternativa per i trasferimenti brevi, oppure si possono abbinare i due mezzi di trasporto. In alcuni casi, come nella trasferta tra la Mauritania e il Mali, dovrete utilizzare veicoli diversi, come camion e pick-up, alternandoli ad autobus di linea e taxi de brousse. Tra il Senegal e il Mali meglio optare per il treno espresso, viste le pessime condizioni delle strade. Oltre agli itinerari di terra e alle rotte aeree, l'altra maniera più esotica per raggiungere il Mali è il battello che risale il fiume Niger partendo dalla Guinea.
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