Per quanto sia oggi difficile da immaginare, un tempo la Mauritania aveva grandi laghi, fiumi e sufficiente vegetazione per mantenere una grande quantità di elefanti, rinoceronti e ippopotami. Tracce di antichi insediamenti umani, con reperti quali punte di freccia e disegni rupestri, vengono fatti risalire alle antiche genti bafour. Le cose cambiarono bruscamente circa 10.000 anni fa, quando il Sahara iniziò ad avanzare.
Attorno al terzo secolo, il cammello fu introdotto in Marocco dai berberi. Per la Mauritania, questo importante evento rappresentò l'arrivo dei nomadi, capaci di coprire con i cammelli distanze più grandi attaverso il Sahara occidentale per il commercio del sale - e più tardi di oro e schiavi. Nel IX e X secolo vide la luce il primo impero nell'Africa occidentale. Conosciuto come impero del ghana, aveva la sua capitale nel sud-ovest della Mauritania. I berberi che si erano stabiliti nella regione furono ridotti a vassalli dei nomadi regnanti.
Nello stesso periodo l'islam iniziò a diffondersi attraverso la regione. Un gruppo in particolare, gli almoravidi, guadagnò il controllo sui berberi e stabilì la capitale a Marrakech, da dove governò su tutta l'Africa nord-occidentale e sul sud della Spagna. Nel 1076 gli almoravidi si spinsero ancora più a sud e, con l'aiuto dei berberi di Mauritania, distrussero l'impero del ghana. L'islam si diffuse a quel punto più rapidamente e liberamente. Il nuovo impero era così vasto che di fatto si spaccò in due, con un centro in Marocco e un'altra parte governata dai berberi della Mauritania. Questo impero meridionale venne sconfitto dagli arabi nel 1674; da quel momento i berberi adottarono l'hassaniya, la lingua dei loro conquistatori.
Dal XV secolo in poi, l'Africa subì pesanti abusi da parte degli europei, affamati d'oro, di schiavi e di altre risorse. La Mauritania se la cavò senza troppi danni - senza spopolamento dovuto alla schiavitù, senza un riorientamento dell'economia per incassare i proventi dei raccolti, senza essere defraudata dei minerali più preziosi. La sabbia, a quanto pare, non era un bene tra i più richiesti. Nel 1814 la Francia ottenne il controllo sulla costa della Mauritania e, dopo aver messo fuori gioco progressivamente tutti i mauri che opponevano resistenza, stabilì la colonia di Mauritania nel 1904. I francesi furono così impegnati a tentare di soggiogare i mauri nel nord e occupati a colonizzare altre parti del mondo che non si accorsero degli immensi giacimenti di ferro fino alla vigilia della proclamazione dell'indipendenza nel 1960. A Ould Daddah toccò la carica di primo ministro del paese.
Con l'indipendenza vennero la fondazione della repubblica islamica, la scelta di una nuova capitale e una crescita dell'industrializzazione. Le miniere di ferro erano gestite da un consorzio estero, che pagava bene la manodopera locale. Uno sciopero di due mesi verso la fine degli anni '60 ebbe come risultato uno scontro che coinvolse l'esercito e lasciò sul campo otto minatori. Ciò portò alla formazione, nel 1973, di un sindacato marxista clandestino. Di fronte alle crescenti sfide della sinistra, nel 1974 il presidente Ould Daddah nazionalizzò la compagnia mineraria e introdusse la moneta nazionale, l'ouguiya, al posto del franco CFA.
Una nuova crisi, che coinvolse la divisione del Sahara spagnolo tra Marocco e Mauritania, portò al rovesciamento del governo nei tardi anni '70. La produzione di ferro crollò, l'esercito venne portato da 1800 a 17.000 unità, e atti di sabotaggio del Fronte Polisario (un gruppo di guerriglieri appoggiati da Algeria, Libia e Cuba, miranti a creare un Sahara occidentale indipendente) divennero all'ordine del giorno. A seguito di un colpo di stato nel 1978, la Mauritania rinunciò alle pretese sul Sahara occidentale, per quanto la regione rimanga oggetto di disputa. Il nuovo regime fu incapace di riavviare l'economia e, nel 1984, vi fu un altro colpo di stato appoggiato dai militari, nel quale prese il potere il colonnello Maaouya Sid' Ahmed Ould Taya.
Con la lotta per il territorio come retroscena, la Mauritania conobbe un altro pesante conflitto interno alla fine degli anni '80. Dopo che cammelli appartenenti ai mauri furono visti pascolare sul territorio degli africani soninké di origine senegalese, vi fu uno scontro nel quale due soninké furono uccisi. Seguirono agitazioni in Senegal, con attentati a negozi di mauritani. In Mauritania i mauri si vendicarono perpetrando stupri, omicidi di massa, sequestro di terre e deportazioni. I cittadini senegalesi furono il principale obbiettivo, ma i mauritani di discendenza pulaar furono anch'essi tra le vittime, e molti cercarono rifugio nelle ambasciate e presso le Nazioni Unite. Interi villaggi vennero svuotati e gli abitanti abbandonati nel deserto senza cibo né acqua. Il Marocco, la Francia, l'Algeria e la Spagna inviarono aerei per soccorrere i mauritani rimasti senza tetto, i quali furono espatriati in Senegal, un paese che la maggior parte di loro non aveva mai nemmeno visitato. In totale, quasi 100.000 persone attraversarono il confine con il Senegal.
Con un governo divenuto più xenofobo e la chiusura delle frontiere con il Senegal, le organizzazioni umanitarie fecero le valigie. Solo i vicini di fede islamica continuarono ad assistere la Mauritania nell'esilio dal resto del mondo che il paese si era imposto. Nei primi anni '90, con l'Iraq quale più stretto alleato, il governo della Mauritania divenne sempre più estremista, sbarazzandosi dei suoi principali rivali, i neri africani. Ne seguì una condanna internazionale su vasta scala.
Per mettere a tacere le critiche internazionali, nel 1992 fu promulgata una nuova costituzione che consentiva la pluralità di partiti politici (il processo venne definito "democratizzazione controllata"). Il detentore del potere, Ould Taya, fu rieletto con il 63% dei voti: i numerosi brogli causarono una forte contestazione dei risultati elettorali e il nuovo presidente fu nuovamente preso di mira dalla comunità internazionale.
Il rimpatrio dei mauritani neri esiliati pesa sul governo attuale. Nonostante gli attacchi a questa minoranza siano cessati, i neri continuano a incontrare difficoltà nel trovare lavoro, documenti d'identità, prestiti, nonché nel riavere le loro terre.
Nel giugno 2002 il Fondo Monetario Internazionale ha cancellato dal debito della Mauritania 1,1 miliardi di dollari, pari alla metà del debito complessivo. Il forte 'sconto' non è bastato a placare gli animi. Nella notte del 7 giugno 2003, infatti, si è verificato un colpo di stato da parte di membri dell'esercito, ma Taya è riuscito a respingere gli oppositori. Il capo del governo ha vinto le elezioni presidenziali del novembre 2003 con il 60,8% delle preferenze. Alla vigilia del voto il principale oppositore, Khouna Ould Haidalla, è stato fermato e trattenuto per diverse ore insieme a quattro collaboratori con l'accusa di complotto e minaccia alla sicurezza dello stato.
Il ritorno in patria di neri in esilio ha messo a dura prova il governo. Le vessazioni contro questa comunità sono in parte cessate, ma i neri hanno ancora difficoltà ad ottenere un lavoro, documenti, prestiti e il terreno.
Sebbene negli ultimi anni Taya abbia mostrato alcuni segnali incoraggianti di voler finalmente avviare il paese verso la democrazia, nell'agosto 2005 è stato deposto dai militari mentre si trovava fuori del paese.
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