L'autobus è il principale mezzo di trasporto per visitare il Mozambico. Ci sono autobus che coprono le distanze tra le principali città almeno una volta al giorno. Esistono tre principali compagnie private e tutte hanno delle linee rapide (il che significa meno lente, non particolarmente veloci). Dove le strade sono in buono stato l'autobus è un buon mezzo di trasporto; dove invece questo non accade (e ciò include la quasi totalità delle aree rurali) per spostarvi dovrete probabilmente servirvi di camion convertiti al trasporto passeggeri, i cosiddetti 'chapa-cems' (un'abbreviazione corrispondente al nostro 'scatoletta di sardine' e normalmente chiamati solo 'chapas').
La LAM ha voli interni, che collegano Maputo, Beira, Tete e altre città. Spesso i voli sono posticipati o annullati, e il bagaglio smarrito o manomesso. Ci sono anche due voli settimanali tra la capitale e l'Arcipelago di Bazaruto. La Sabin Air, una linea privata di charter, compie voli per qualsiasi destinazione: è però più cara della LAM.
Se viaggiate in Mozambico con la vostra auto, la polizia è famosa per inventarsi i problemi più strani e inimmaginabili riguardo ai veicoli, per i quali sono previste multe salate. Se siete educato, avete auto e documenti in perfetto ordine e obbedite a tutte le norme del codice stradale, avete qualche probabilità che non vi facciano storie. Le auto possono essere prese a nolo a Maputo e Beira, dove numerose delle principali agenzie e alcune di quelle locali hanno depositi.
L'aeroporto è circa un km a nord-ovest dal centro città: sono disponibili taxi e autobus. La stazione ferroviaria e il deposito dei minibus si trovano all'estremità meridionale della città.
Le compagnie Linhas Aéreas de Moçambique (LAM), TAP Air Portugal e Kenya Airways operano voli su Maputo. Arrivando dall'Europa è più economico volare a Johannesburg, in Sudafrica, e da qui raggiungere il Mozambico con l'aereo o via terra. Partendo dall'Africa, vi sono voli tra Maputo e Lilongwe, Malawi, o Johannesburg. LAM e South African Airways collegano Jo'burg a Maputo, mentre Pelican Air vola da Jo'burg e Vilankulo con collegamenti sull'arcipelago di Bazaruto. Se arrivate dall'Africa orientale LAM collega Dar es Salaam a Pemba (comodo per la parte settentrionale del Mozambico evitando così i posti di confine terrestri) e Kenya Airways vola da Nairobi a Maputo.
La tassa aeroportuale d'uscita per i voli internazionali è di US$20.
I migliori transiti via terra sono attraverso il confine sudafricano: ci sono tre treni alla settimana tra Johannesburg e Maputo, che impiegano circa 15 ore. Esistono anche dei minibus che fanno il percorso tra Maputo e varie città del Sudafrica, oltre a un lussuoso autobus giornaliero che collega Maputo e Johannesburg. Minibus percorrono anche il tragitto tra Maputo e le città dello Swaziland, attraversando il confine a Namaacha, in Mozambico.
Altri passi di frontiera sono meno convenienti a meno affidabili. Si può attraversare il confine tra Palma (all'estremità nord-orientale del Mozambico) e Mwambo, in Tanzania, ma i trasporti sono molto scarsi a sud di Palma e le strade terribili. Mine antiuomo e banditi rendono l'attraversamento della frontiera tra il Mozambico e lo Zambia molto rischioso: la maggior parte delle persone passa per il Malawi, attraverso uno dei numerosi valichi di frontiera. Le due frontiere principali tra il Mozambico e lo Zimbabwe sono Nyamapanda, sulla Sella di Tete, e Machipanda, sulla strada Beira-Harare.
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