I primi nigeriani furono i nok, esperti artigiani che abitavano la zona di Jos. All'inizio del secondo millennio i nok praticamente sparirono, quando cominciò a svilupparsi, a nord-est del lago Ciad, lo stato dei kanem. Questi ultimi erano in gran parte islamici, come lo erano i regni attorno a Kano e a Katsina, e la loro ricchezza derivava dal controllo delle piste transahariane che dall'Africa Occidentale portavano al Mediterraneo. Questi stati islamici settentrionali rimasero intoccati dagli europei fino al XIX secolo inoltrato. Quelli meridionali vennero invece sottoposti nel XIV e XV secolo a varie dominazioni da parte degli yoruba, i cui re (Obas) coltivarono i contatti con l'Europa attraverso il commercio portoghese delle spezie.
Al termine del XVIII secolo gli integralisti religiosi fulani, nel nord, stanchi di essere dominati dagli stati islamici hausa, presero il comando e crearono lo stato mono-islamico del califfato di Sokoto. Questa originaria frattura tra il governo islamico nel nord e le tribù yoruba nel sud non si è mai risanata, e nel corso degli anni gli scontri intertribali e le guerre civili hanno solo peggiorato la ferita. Ancora oggi la politica nigeriana deve fare i conti con le rivalità tribali e le antiche scuri da affilare.
Dopo il crollo del commercio portoghese delle spezie e poi di quello britannico, iniziò la tragedia umana della tratta degli schiavi, ma nel 1807 la schiavitù venne abolita e gli inglesi dovettero cercare altre fonti di guadagno. Le compagnie britanniche cominciarono allora ad assumersi il controllo delle miniere di Jos, rovinando così migliaia di minatori autonomi che lavoravano lo stagno e facendone salariati senza altri mezzi di sussistenza. Peggio ancora fu per gli agricoltori, poiché gli inglesi, per sostenere il peso delle esportazioni minerarie, sostituirono ai raccolti con i quali la popolazione si sfamava prodotti da esportare, cosicché il paese visse per la prima volta un periodo di carenza alimentare. Gli inglesi, allora, designarono dei capi nelle comunità meridionali degli ibo perché governassero la zona, ma questa politica si rivelò del tutto fallimentare. Questi 'capi inventati' avevano poco in comune con la gente, e il logico risultato fu il ribollire di ostilità e risentimenti.
Nel 1960 la Nigeria dichiarò la propria indipendenza, ma il sistema coloniale britannico nulla aveva fatto per unificare il paese o prepararlo a questo passo. I conflitti storici tra il nord e il sud e altre tensioni interregionali fecero pensare che l'idea di una repubblica unificata fosse irrealizzabile. Dal 1966 il sogno di una fiorente democrazia si frantumò tra i massacri e le ostilità interregionali e sfociò in un colpo di stato che installò il primo di una serie di governi militari. Gli ibo risposero con una secessione dalla federazione e dichiararono l'indipendenza del Biafra, dando il via a una guerra civile che coinvolse l'intero paese per circa tre anni, fino alla vittoria della Nigeria che riprese la regione, reintegrandola nello stato. La guerra lasciò dietro di sé circa un milione di morti e 'Biafra' divenne sinonimo di distruzione di massa e carestia.
Conoscendo l'altalenare delle fortune della Nigeria, era quasi prevedibile che a una delle peggiori carestie mondiali sarebbe seguito un periodo di eccessiva prosperità. L'impennata del prezzo del petrolio consentì al governo nigeriano di portare avanti una politica di sprechi di sconsiderate proporzioni e il paese divenne in breve tempo un covo di stranieri, che accorsero in Nigeria carichi di denaro per le mazzette. La corruzione divenne la regola, il crimine dilagò e il caos si diffuse come un cancro. Dagli inizi degli anni '80 la recessione mondiale fece nuovamente colare a picco il prezzo del petrolio e gettò la Nigeria in un vortice di pesanti debiti, vertiginosa inflazione, disoccupazione su larga scala e corruzione generalizzata. Nelle elezioni del 1993 il paese finì sotto il pugno di ferro del governo del generale Abacha.
Ben lungi dal mantenere la promessa di creare una democrazia su modello statunitense, Abacha suscitò l'indignazione delle organizzazioni per i diritti umani e del Commonwealth per l'esecuzione del noto drammaturgo Ken Saro-Wiwa e di altre otto persone accusate di attività politica sediziosa. Questa e altre azioni dispotiche innescarono rivolte e sommosse civili in tutta la Nigeria. Nel giugno del 1998 Abacha morì e venne immediatamente rimpiazzato dal generale di stato maggiore Abubakar che promise il ritorno a un governo civile; la promessa fu mantenuta e così nel 1999 venne eletto presidente Olusegun Obasanjo, un tempo capo militare e poi, fino al 1998, prigioniero politico.
I nigeriani erano euforici, perché sembrava che finalmente si fossero affrancati dal regime militare. Ciò avveniva poco prima che la situazione si deteriorasse nuovamente perché diversi gruppi rivali (religiosi e tribali), non più trattenuti dall'intervento delle forze armate, hanno dato inizio a un lungo conflitto. Le peggiori manifestazioni di violenza sono state le rivolte sulla sharia (shari'ah, la legge islamica di cui si imponeva la più rigida applicazione), scoppiate in molti centri nel febbraio 2000. In una notte, descritta nel «Guardian» come una «impressionante carneficina», oltre 300 persone sono state uccise nel corso di violenti corpo a corpo tra cristiani ibo e musulmani haussa a Kaduna.
Il paese era in tumulto e la situazione era esacerbata dai tagli ai carburanti e dai prolungati blackout di energia elettrica. Obasanjo ha espropriato l'intero consiglio del NEPA (National Electric Power Authority), mettendolo sotto il suo personale controllo, dopo che per settimane la Nigeria era rimasta nella totale oscurità. Esiste un pericolo reale che il paese ricada nuovamente nella guerra civile.
A Lagos, nel febbraio 2002 negli scontri tra gli haussa del nord, islamici, e tra gli yoruba del sud-est, cattolici, sono morte almeno cento persone. Incontratisi ad agosto nello stato di Kaduna, i leader religiosi di entrambe le parti hanno siglato un accordo per la pace.
Kaduna è stata teatro di una nuova impressionante carneficina, alla fine di novembre 2002, tra musulmani e cristiani. Ma dietro l'apparente movente religioso, questi gravi disordini sono stati causati dalla povertà (giovani senza futuro assoldati per uccidere e saccheggiare) e da tensioni politiche dovute alla fine del mandato presidenziale.
Il 10 ottobre 2002 il collegio giudicante della Corte Internazionale di Giustizia dell'Aja ha riconosciuto che la penisola di Bakassi è territorio camerunese, sebbene alcune sacche e zone di frontiera siano state assegnate alla Nigeria. La penisola contesa tra i due paesi aveva provocato tre scontri armati, nel 1994, 1998, 2001 (ma la disputa risale al 1884), a causa dell'interpretazione dei confini disegnati sulla base degli accordi conclusi, l'11 e il 12 marzo 1913, tra Gran Bretagna e Germania. Tuttavia, la questione territoriale resta irrisolta per lo sfruttamento dei ricchissimi giacimenti petroliferi iniziato dal Camerun e persiste il rischio di scontri armati.
Nel 2005 si è svolta in Nigeria ad Abuja una conferenza organizzata dal governo allo scopo di riformare alcune parti della Costituzione nigeriana in vigore dal 1999 e di rinnovare l'apparato amministrativo dello stato.
E' presente il rischio di atti di terrorismo, di matrice sia islamista che separatista, nonché il possibile ripetersi di violente sommosse etnico-religiose, già verificatesi nel novembre 2008 a "Jos" (capitale dello Stato di Plateau) e nel febbraio 2009 a "Bauchi" (capitale dell'omonimo Stato). Dal 25 luglio 2009 sono stati registrati scontri con numerose vittime tra militanti islamici e forze dell'ordine negli stati di Borno, Yobe, Kano e Bauchi.
E' elevato il rischio di attentati passibili di colpire indiscriminatamente anche luoghi frequentati da occidentali.
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