Nel marzo del 1681 re Carlo II d'Inghilterra diede a William Penn un documento di concessione per un appezzamento di terra a ovest del fiume Delaware. Il re chiamò questa zona 'Penn' in onore del padre di William, e questi vi aggiunse il suffisso '-sylvania', che significa 'foresta'. Fortemente influenzato dall'idealismo pacifista quacchero, Penn considerava la sua colonia una sorta di 'esperimento sacro' e, una volta divenuto governatore e proprietario dell'appezzamento, si assicurò che le leggi rispettassero la libertà di religione e una forma di governo liberale. Penn scelse Philadelphia come capitale della Pennsylvania nel 1682 prendendo il nome, in modo molto ottimistico, da un termine greco che significa 'amore fraterno'. Essendo scampato al Grande Incendio che colpì Londra nel 1666, Penn fece di tutto affinché la struttura della città fosse a forma di reticolato e che avesse strade ampie, anziché quelle strette e piene di curve della capitale inglese, che avevano causato così grandi distruzioni. Questa struttura sarebbe poi servita come modello per la maggior parte delle città americane.
Philadelphia crebbe velocemente e diventò, per estensione, la seconda città dell'impero britannico dopo Londra, prima di cedere il titolo a New York. La decisa opposizione delle colonie nei confronti delle politiche britanniche prese piede proprio a Philadelphia, dove i capi delle colonie si incontravano per pianificare le proprie mosse. Da questa situazione nacque la Dichiarazione d'Indipendenza, e nel 1790 Philadelphia divenne la capitale temporanea dei nuovi Stati Uniti prima di passare il testimone a Washington nel 1800. La Costituzione degli Stati Uniti fu redatta e letta per la prima volta proprio a Philadelphia, nel 1786. Guidata da Benjamin Franklin, uomo dalle grandi doti, la città divenne un centro importante per lo sviluppo delle arti e delle scienze.
Tra il 1793 e il 1820 a Philadelphia vi furono ben cinque epidemie di febbre gialla, che uccisero migliaia di persone, ma spinsero alla costruzione del primo sistema idrico cittadino degli Stati Uniti. Le fortune della città subirono un forte colpo nel XIX secolo, quando New York rilevò il ruolo di centro culturale, industriale e commerciale della nazione. Nonostante continue innovazioni culturali ed educative, un fiorente commercio, lo sviluppo dell'industria navale e un breve periodo di crescita economica dopo la seconda guerra mondiale, Philadelphia non riuscì mai a riconquistare l'egemonia di un tempo.
A metà del XX secolo la città, come molte altre degli Stati Uniti, vide gran parte degli esponenti della classe media abbandonare il centro per trasferirsi nelle zone periferiche. Durante gli anni '70 fu costretta ad affrontare forti tensioni, caratterizzate da scontri armati tra la polizia e il gruppo paramilitare MOVE. Tuttavia, nel 1976, un importante progetto di riqualificazione in occasione del bicentenario della nazione ha portato a un'operazione di pulizia e di restauro della città, opere che continuano tuttora. Oggi, nei sondaggi effettuati a livello nazionale, Philadelphia viene sempre inclusa tra le migliori città degli Stati Uniti per lo stile di vita e l'atmosfera, per la vibrante vita culturale e artistica. The Philadelphia Orchestra, Peter Nero and the Philly Pops (classica, swing, Broadway, contemporanea, Hollywood, blues, jazz), American Theater Arts for Youth, Chamber Orchestra of Philadelphia, Philadanco! (The Philadelphia Dance Company), Philadelphia Chamber Music Society, Opera Company of Philadelphia, Pennsylvania Ballet sono le otto compagnie residenti di uno straordinario progetto non profit, il Kimmel Center for the Performing Arts, inaugurato nel dicembre 2001.
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