Si ritiene che i primi abitanti delle Isole Salomone siano giunti da nord-ovest circa 30.000 anni fa. Ma fu solo nel 4000 a.C. che si insediarono nelle isole le prime popolazioni stabili, dedite all'agricoltura ed esperte nell'arte della navigazione, della semina e della pastorizia. Tra quel periodo e il 1600 circa l'arrivo delle prime ondate migratorie di polinesiani provenienti da ovest e in seguito della popolazione Lapita, da est, produsse uno straordinario miscuglio di pratiche culturali diverse. Dopo aver trovato l'isola principale già occupata dai melanesiani, i nuovi arrivati si stabilirono nelle isole più piccole e appartate, sbaragliando tutte le popolazioni minori che incontravano lungo la strada. Per i successivi quattrocento anni queste zone sperdute furono il principale bersaglio dei guerrieri di Tonga e Tokelau. Le aggressioni subite svilupparono negli indigeni un naturale timore nei confronti dello straniero. Nel XIX secolo questo timore diede vita alla diffusa pratica (oggi quasi del tutto abbandonata) di attaccare a vista qualsiasi forestiero.
Gli spagnoli in Perú erano alla ricerca di nuove terre di conquista. Nel 1597 Don Alvaro de Mendaña y Neyra salpò alla conquista del leggendario arcipelago (o forse del continente) dei Mari del Sud. Durante la spedizione del 1568 il capitano aveva avvistato una grande isola, che aveva chiamato Santa Isabel; la flotta aveva poi proseguito la navigazione lungo le terre vicine, dando a ogni luogo il nome spagnolo che tuttora conserva. Dopo sei mesi di conflitti con le popolazioni delle isole per il possesso di oro e cibo, gli spagnoli fecero ritorno a casa. Mendaña descrisse le isole, che battezzò Isole Occidentali, in termini entusiastici. Già nel 1570 l'arcipelago fu chiamato con il nome che poi assunse definitivamente: Yslas de Salomon, con chiaro riferimento al biblico re Salomone. Sebbene desideroso di farvi ritorno, Mendaña riuscì a trovare i fondi necessari solo nel 1595, anno in cui levò le ancore con l'infausto proposito di fondare una colonia sulle isole. Dopo soli due mesi a Santa Cruz, la spedizione (senza Mendaña, nel frattempo morto di malaria) fece ritorno in Perú. Dieci anni più tardi il capo timoniere di Mendaña decise di ripetere di nuovo lo stesso errore: il fallimento della sua missione decretò la fine dell'interesse della Spagna per il Pacifico occidentale.
Grazie a un errore cartografico per i successivi 150 anni gli europei non si avvicinarono neppure alle Salomone, o meglio non riuscirono a trovarle. Nel 1767 il capitano inglese Philip Cartaret capitò per caso nei pressi dell'arcipelago: non poteva credere di aver riscoperto le Salomone. Prese così ad affluire gente di ogni risma (inglesi, francesi, esploratori americani, cacciatori di balene e trafficanti) che lasciò un segno indelebile in tutta la zona. I grandi mercanti con i loro loschi traffici (furti e omicidi) misero fine alla 'Grande Pace' delle popolazioni locali, decimate anche dalle malattie importate dagli stranieri. L'arrivo delle armi da fuoco, il 'reclutamento della forza lavoro' (leggi: tratta degli schiavi) e un generale clima di diffidenza contribuirono a far guadagnare velocemente alle Isole Salomone la nomea di luogo più inospitale del Pacifico. Persino gli inarrestabili missionari usavano una certa cautela.
Alla fine del XIX secolo la Gran Bretagna stipulò un accordo territoriale con la Germania e prese il controllo delle isole, chiamandole Protettorato Britannico delle Isole Salomone. Il primo commissario residente, Charles Woodford, rimasto in carica dal 1896 al 1915, era un leader illuminato che non portava mai la pistola; a lui va il merito di aver creato le basi del governo democratico delle Salomone.
Nell'aprile del 1942 i giapponesi conquistarono le Isole Shortland e si mossero alla volta di Tulagi. Il duro trattamento riservato alla popolazione locale e i lavori di costruzione di un campo d'aviazione su Guadalcanal spinsero gli Alleati ad agire prontamente. Nell'agosto dello stesso anno le truppe alleate sbarcarono sulle isole, ma furono colte di sorpresa dai giapponesi che, nella battaglia di Savo, inflissero agli americani una delle più cocenti sconfitte mai registrate dalla flotta navale statunitense. Poi, per sei mesi, le forze alleate riuscirono a mantenere il controllo di Guadalcanal e, almeno di giorno, il predominio militare. Di notte, però, i giapponesi sferravano micidiali attacchi e ricevevano rinforzi via mare. Poco alla volta gli americani acquisirono la supremazia totale e il controllo di tutte le isole. Ferite dalla prepotenza giapponese tanto quanto lo erano state dall'autorità britannica, le popolazioni locali rimasero fedeli agli Alleati per tutto il corso del conflitto. Dopo la resa giapponese del 1945, molti isolani - perlopiù gli abitanti di Malaita - contribuirono alla costruzione dell'enorme base americana di Guadalcanal. Trattati con amicizia dalle forze statunitensi, gli abitanti delle Salomone si resero conto che l'atteggiamento della classe dominante britannica doveva cambiare.
Dopo la guerra sorse a Malaita un movimento nazionalista filoamericano che si contrapponeva al dominio britannico. La forza della nuova organizzazione fu però ridimensionata a seguito di alcuni arresti di massa avvenuti nel 1947 e nel 1948; nel 1950, con il ritiro delle truppe americane, il movimento si sciolse. Gli inglesi tuttavia compresero le esigenze di indipendenza del paese e istituirono un governo locale, assemblee regionali e, nel 1970, concessero l'autogoverno. La piena indipendenza, concessa il 7 luglio 1978, portò un clima di stabilità in tutte le isole. Se si esclude il coinvolgimento del paese nella disputa tra Bougainville e Papua Nuova Guinea (i legami tra gli abitanti delle isole e quelli di Bougainville hanno danneggiato i rapporti del paese con Papua Nuova Guinea), le controversie a livello internazionale sono state rare e di poca importanza.
Nel giugno del 1999, a seguito di alcuni disordini di natura razziale, il governo delle Salomone ha proclamato lo stato di emergenza. Le ostilità, causate soprattutto dal trasferimento di un gran numero di abitanti di Malaita nella vicina Guadalcanal, sono degenerate nel giugno del 2000 in un colpo di stato che a Honiara è degenerato in scontri armati per le strade. Le due principali fazioni coinvolte nel conflitto, il Malaita Eagle Force (MEF, che rappresenta i gruppi etnici di Malaita provenienti dall'isola di Guadalcanal) e l'Istabu Freedom Movement (IFM, che rappresenta i nativi di Guadalcanal) hanno ratificato un accordo di pace nell'ottobre del 2000. I posti di blocco nei pressi di Honiara sono stati smantellati, ma il MEF e l'IFM sono ancora in possesso di una grande quantità di armi.
Dopo un periodo di stallo, la violenza è riesplosa nel marzo del 2002 e le organizzazioni non governative e le forze di pace sono state espulse dalle Isole Salomone. Vi sono stati scontri sporadici limitati alle province di Malaita e alla provincia rurale di Guadalcanal, nelle vicinanze di Honiara. La strada dall'aeroporto alla capitale e le isole vicine a Bougainville sono zone nelle quali tuttora conviene procedere con cautela.
Tra la fine del 2002 e i primi giorni del 2003 il tifone Zoe ha colpito, con raffiche di vento che hanno superato i 300 km all'ora e onde altissime, le isole di Anuta, Fatata, Mota Lava e Tikopia. Vi sono stati danni alle case e alle coltivazioni ma gli abitanti, da sempre abituati ai tifoni, conoscono assai bene dove trovare riparo e si sono salvati tutti. I soccorritori, giunti in nave con personale medico e generi di prima necessità ad Anuta (che dalle riprese aeree risultava essere stata particolarmente colpita), hanno riscontrato che gli isolani avevano ancora scorte di acqua e di cibo per tre mesi. Il 20 gennaio 2003 le isole Salomone sono state interessate per un minuto da un terremoto di 7,2 gradi della scala Richter. Molto panico, ma nessun danno.
Sempre nel 2003 sulle isole è stata convocata una forza di pace, per controllare e risolvere le tensioni sociali sempre più accese. Questo contingente, denominato RAMSI (Regional Assistance Mission to the Solomon Islands) ha svolto un compito efficace, ma è probabile che gli isolani debbano ancora faticare per mantenere la pace sull'isola.
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