Esistono opinioni divergenti su come i popoli polinesiani siano giunti a stabilirsi nelle isole del Pacifico, ma appare chiaro che i primi abitanti furono grandi navigatori che attraversarono vaste distanze nell'oceano, arrivando ad occupare un'ampia zona costituita dall'odierna Polinesia Francese più le Hawaii, la Nuova Zelanda, parti dell'isola di Nuova Guinea, Tonga e le Isole Cook. Si ritiene che queste genti siano partite dal Sud-est Asiatico circa 3000 o 4000 anni fa e che abbiano iniziato ad arrivare in quella che oggi è la Polinesia Francese verso il 300 d.C. In origine le isole erano governate da capi che comandavano enormi flotte di canoe a bilanciere. Le pratiche religiose di quell'epoca prevedevano i sacrifici umani.
Alcuni dei primi visitatori europei, tra cui Samuel Wallis (1767), Louis-Antoine de Bougainville (1768) e James Cook (1769), al loro ritorno in patria narravano di un paradiso in terra abitato da 'nobili selvaggi' e da donne bellissime che si concedevano liberamente. Quando Bougainville ritornò a Parigi, le storie di questo fantastico luogo tropicale in cui si praticava l'amore libero circolavano ormai per tutta l'Europa e diedero vita a un mito che incantò personaggi quali Herman Melville, Robert Louis Stevenson e Paul Gauguin.
L'evento più famoso della regione, avvenuto in tempi relativamente recenti, fu l'ammutinamento del Bounty: fu infatti a Tahiti e sull'isola di Tubuai che Fletcher Christen e i suoi compagni si rifugiarono dopo aver abbandonato, il 28 aprile 1789, vicino alle isole di Tonga il capitano William Bligh e l'equipaggio rimastogli fedele, lasciandoli in balia delle onde in una minuscola barca scoperta. Sempre a Tahiti il lungo braccio della legge inglese raggiunse gli ammutinati che non erano fuggiti all'isola di Pitcairn e li costrinse ad affrontare la giustizia britannica.
All'epoca dell'ammutinamento le isole della Polinesia erano governate da varie famiglie importanti che esercitavano la loro autorità ciascuna su una determinata zona, senza sottostare a una figura regnante suprema. Da tempo i Polinesiani si erano resi conto della potenza delle armi europee e avevano chiesto già ai primi visitatori di intervenire nelle lotte di potere nella regione. Mentre Cook, Bougainville e altri si erano rifiutati, gli ammutinati del Bounty si offrirono come mercenari. I Pomare, una delle tante potenti famiglie tahitiane, si assicurarono i loro servizi e di conseguenza assunsero il controllo di gran parte delle isole.
Ben presto i balenieri e i mercanti iniziarono a fare scalo regolarmente presso le isole polinesiane per scambiare armi con generi alimentari freschi, introducendo il concetto di prostituzione e diffondendo malattie contro le quali gli isolani non avevano difese immunitarie. I missionari protestanti si diedero da fare per mettere fine alle danze erotiche, alla nudità, alle libere abitudini sessuali e alla religione pagana e la cultura tradizionale polinesiana venne rapidamente cancellata. La popolazione delle isole si ridusse drasticamente e i tirannici missionari rasero al suolo i templi (marae), vietando qualsiasi attività che non fosse devotamente ispirata alla fede cristiana.
A questo punto comparvero sulla scena i francesi, i quali avevano già il controllo delle Isole Marchesi a nord-est. Dopo vari boicottaggi, minacce e intimidazioni, nel 1842 essi riuscirono a scacciare gli inglesi e ad assicurarsi gran parte di quella che sarebbe diventata la Polinesia Francese. La regina Pomare IV, che si era data molto da fare per unificare le isole sotto il proprio dominio, fu costretta a soccombere ai francesi e per i restanti 50 anni del suo regno svolse soltanto una funzione rappresentativa.
All'inizio del XX secolo le isole della Polinesia divennero parte degli ...tablissements Français d'Océanie (Territori Francesi d'Oceania) e venne avviato un programma di rapida espansione commerciale. Dalla Cina venne fatta arrivare la manodopera necessaria per le piantagioni di vaniglia e cotone, mentre la copra e la madreperla diventarono i pilastri dell'economia polinesiana. Circa 1000 Polinesiani furono inviati in Europa per combattere contro i tedeschi nella prima guerra mondiale; poco dopo l'ingresso degli Stati Uniti nella seconda guerra mondiale 5000 soldati americani sbarcarono a Bora Bora per respingere l'avanzata giapponese nel Pacifico.
A causa del movimento indipendentista algerino, la Francia fu costretta a sospendere i test nucleari nel deserto del Sahara e nel 1963 il generale de Gaulle annunciò che gli esperimenti sarebbero stati condotti nei minuscoli atolli di Moruroa (spesso scritto erroneamente 'Mururoa') e Fangataufa, nelle Isole Tuamotu; fu così che nacque il Centre d'expérimentations du Pacifique. In seguito alle continue proteste a livello mondiale, nel 1981 i test vennero trasferiti sottoterra. Naturalmente i francesi sostengono che gli esperimenti non presentano alcun pericolo, ma si guardano bene dall'effettuarli sul territorio francese.
Quando nel 1995 il presidente francese Jacques Chirac annunciò che la Francia avrebbe condotto una nuova serie di esperimenti sotterranei, da tutto il mondo si levò un coro di proteste e condanne. Le strade di Papeete furono teatro di disordini durante i quali centinaia di automobili vennero rovesciate e interi edifici furono dati alle fiamme, mentre il Cile e la Nuova Zelanda ritirarono i propri ambasciatori da Parigi. I test furono completati all'inizio del 1996 e il governo francese ora sostiene che il programma di sperimentazione nucleare è terminato. Dopo più di 150 test con ordigni potenti anche 200 chilotoni (10 volte la potenza della bomba che rase al suolo Hiroshima), ora a Moruroa e Fangataufa è tornata la calma, ma resta ancora da vedere quali saranno gli effetti nel futuro.
In Polinesia Francese ora sta prendendo corpo un consistente movimento popolare che auspica l'indipendenza dalla Francia, ma le autorità politiche, con a capo il presidente Gaston Flosse, hanno detto chiaramente che ciò non accadrà (almeno in un futuro prossimo) e la Francia sembra alquanto riluttante a rinunciare ai propri possedimenti d'oltremare. Attualmente la Polinesia Francese è governata da un'Assemblea Territoriale composta da 41 membri eletti dal popolo ogni cinque anni. La Francia è rappresentata da un alto commissario scelto dalle autorità governative francesi. Per vent'anni, periodo che si è concluso nel 1996, le autorità locali hanno assunto la direzione della gestione interna, ma le richieste per l'indipendenza rimangono comunque un punto fisso del programma politico. Creare le condizioni per giungere entro vent'anni all'indipendenza, infatti, è l'obiettivo del nuovo presidente Oscar Temaru, entrato in carica il 15 giugno 2004. Per raggiungerlo i primi provvedimenti annunciati sono riforma fiscale, decentralizzazione, aumento dei salari minimi e tagli alle spese del governo.
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