Le origini dei tagiki sono confuse, ma sembra che le si possa far risalire ai popoli della Battriana e della Sogdiana. Nel I secolo d.C. la Battriana era un vasto impero esteso su gran parte del territorio che attualmente corrisponde all'Afghanistan settentrionale mentre nello stesso periodo le genti della Sogdiana vivevano nella valle di Zeravshan, in quello che oggi è il Tagikistan occidentale, e nel VII secolo vennero costretti a migrare in seguito alla conquista araba dell'Asia centrale. Pur essendo riusciti a imporre la religione islamica nella regione, gli invasori non seppero mantenere il controllo del territorio e dalla mischia emersero i samanidi, un'altra dinastia persiana. La breve epoca samanide (819-992) determin ò un periodo di frenetica attivit à creativa. Bukhara, capitale della dinastia, divenne il fulcro del mondo culturale islamico e produsse grandi personalit à come il filosofo e scienziato Abu Ali ibn Sina e il poeta Rudaki. Al giorno d'oggi Iran, Afghanistan e Tagikistan sostengono di aver dato loro i natali.
Sul finire del X secolo si ebbe una sequela di invasioni turche. Nonostante le diversit à etniche, i due popoli seppero coabitare in modo pacifico grazie al potere unificante della religione: i tagiki che parlavano persiano assimilarono la cultura turca e furono assorbiti dai turchi, superiori a loro dal punto di vista numerico. Entrambi furono conquistati dai mongoli e in seguito da Tamerlano. A partire dal XV secolo i tagiki si trovarono sotto la sovranit à dell'emirato di Bukhara e nella met à del XVIII secolo gli afghani si spinsero fino a occupare tutte le terre a sud del fiume Amu Darya.
Nell'ambito della propria espansione verso sud, l'impero zarista russo trasform ò l'emirato di Bukhara in uno stato vassallo assumendo il controllo del territorio che corrisponde attualmente al Tagikistan settentrionale e occidentale. Il Pamir, esteso su quello che oggi è il Tagikistan orientale, erano di fatto una terra di nessuno, al di fuori dei confini dell'emirato di Bukhara e ignorata dai confinanti Afghanistan e Cina. La Russia intendeva sfruttare questa regione soprattutto nella prospettiva di aprire delle vie verso l'India britannica. Il Pamir divenne quindi il teatro di quel duello strategico che Kipling avrebbe definito 'Grande Partita' e nel quale alla fine prevalse la Russia, assicurandosi il controllo della regione.
In seguito alla rivoluzione del 1917 i tagiki si trovarono a far parte di due repubbliche socialiste sovietiche. I guerriglieri islamici si opposero ai bolscevichi per quattro terribili anni durante i quali i villaggi venivano razziati e le moschee rase al suolo. Il primo stato tagiko venne formato ufficialmente nel 1924 quando la commissione sovietica per i confini tracci ò linee in tutta l'Asia centrale e form ò una repubblica autonoma posta sotto gli auspici della repubblica sovietica dell'Uzbekistan. Nel 1929 lo stato tagiko ottenne lo status di repubblica a tutti gli effetti anche se Samarcanda e Bukhara, nelle quali vivevano oltre 700.000 tagiki, rimasero all'Uzbekistan. Mosca non si fid ò mai completamente del Tagikistan: nelle posizioni pi ù importanti nel governo dello stato abbondavano i tirapiedi russi, gli sforzi per sostenere l'industrializzazione e l'istruzione erano fiacchi e le condizioni di vita rimasero meno che mediocri.
A met à degli anni '70 venne fondato in clandestinit à il Partito della Rinascita Islamica, che conquist ò il crescente appoggio popolare proponendosi come punto di aggregazione del nazionalismo tagiko. Nel 1979 vi furono manifestazioni di protesta contro l'invasione sovietica dell'Afghanistan, ma i primi disordini importanti si ebbero agli inizi degli anni '90 quando corse voce che gruppi di profughi armeni sarebbero stati sistemati a Dushanbe, dove per altro esisteva gi à una forte carenza di alloggi. Questo piccolo capolavoro di ingegneria sociale sovietica fu la miccia che caus ò rivolte, morti e l'imposizione dello stato di emergenza. Le restrizioni determinarono la nascita di altri partiti di opposizione.
Durante l'epoca sovietica, il potere di Mosca e del Partito avevano agito come un coperchio su una pentola in cui ribollivano antiche tensioni legate ai clan. Il regime sovietico era riuscito a tenere a bada le varie fazioni del Tagikistan: i leninabader del nord, i kulyabi del sud insieme ai loro ostili vicini del Kurgan-Tyube, i garmi dell'est e i pamiri sulle montagne. Quando nel 1991 l'Unione Sovietica si disintegr ò e il Tagikistan proclam ò l'indipendenza, il paese scivol ò rapidamente nella guerra civile. Imomali Rakhmonov, un Kulyabi, ricopriva la carica di presidente dal 1992, ma doveva fronteggiare una forte opposizione, in particolare la coalizione di partiti islamici e democratici. Le forze dei Kulyabi intrapresero un'orgia di pulizia etnica diretta contro tutti coloro che fossero collegati ai Kurgan-Tyube o alla valle di Garm. Gli scontri lasciarono sul terreno un numero di vittime compreso fra 20.000 e 50.000 unit à e causarono mezzo milione di profughi.
Nel giugno 1997 è stato firmato un accordo di pace fra il presidente Imomali Rakhmonov e il capo dell'opposizione islamica Sayid Abdullo Nuri, ma la tensione è ancora alta. Rakhmonov è appoggiato dalle forze della CSI, dominata da Mosca, soprattutto perch É la Russia vuole difendere la frontiera con l'Afghanistan. Migliaia di ribelli tagiki sono stanziati nell'Afghanistan settentrionale e continuano a compiere raid al di l à del confine. Rakhmonov non intende spartire il proprio potere (i partiti di opposizione sono stati messi fuori legge in occasione delle elezioni del 1994) e non è interessato ad avviare una politica di riforme. Nel 1999 il presidente è stato rieletto per un secondo mandato con voto pressoch É unanime.
Nel 2000, il Tagikistan ha consentito che 25.000 militari russi entrassero nel paese per aiutare ad arginare la violenza, pattugliando i confini con l'Afghanistan. Inoltre, il paese ha anche accettato che una base militare russa si insediasse nel territorio, sempre con la speranza di poter stabilizzare la situazione politica.
Grazie alla sua posizione strategica, il Tagikistan ha avuto un ruolo determinante nella guerra contro i talebani del vicino Afghanistan.
Nel 2003, un referendum ha confermato il consenso al governo di Rakhmanov, che ora potrebbe restare in sella per due mandati consecutivi, fino al 2020.
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