Non si hanno notizie certe sulle vicende del Togo nel periodo precedente all'arrivo dei portoghesi alla fine del XV secolo. Nella zona si insediarono varie tribù provenienti da regioni diverse; dalla Nigeria e dal Benin giunsero gli ewé, mentre i mina e i guin arrivarono dal Ghana e tutti si stabilirono sulla costa. Con l'avvento della tratta degli schiavi nel XVI secolo, diverse tribù (specialmente i mina) divennero agenti dei mercanti europei, cui fornivano gli schiavi che acquistavano nell'entroterra dai kabyé e da altre tribù del nord.
Nel XVIII secolo la Danimarca avanzò le proprie pretese sul Togo, ma nel 1884 la Germania firmò un trattato con il re locale Mlapa e il paese diventò una colonia tedesca con il nome di Togoland. I tedeschi introdussero la coltura estensiva dei principali prodotti agricoli destinati all'esportazione (cacao, caffè e cotone) e svilupparono le infrastrutture del paese facendole diventare le più avanzate dell'Africa. I togolesi tuttavia mal tolleravano le limitazioni che il regime coloniale imponeva alla loro esistenza e allo scoppio della prima guerra mondiale accolsero a braccia aperte le truppe britanniche. Circondati da colonie inglesi e francesi, i tedeschi fecero esplodere la loro costosa stazione radio e si arresero; tale episodio segnò la prima vittoria degli Alleati durante la guerra. Dopo il conflitto la Società delle Nazioni suddivise il paese fra l'Inghilterra e la Francia.
Durante il periodo coloniale i mina acquisirono un certo potere politico ed economico grazie al fatto che risiedevano sulla costa e che da tempo intrattenevano legami con gli europei, mentre gli ewé rimasero separati in due gruppi a causa della suddivisione del Togoland. Le loro rappresentanze politiche iniziarono a chiedere a gran voce la riunificazione, ma persero ogni speranza quando il Togoland britannico approvò con un plebiscito l'unione con il Ghana, che era in procinto di ottenere l'indipendenza. Nell'aprile del 1960 la parte francese si proclamò indipendente con il nome di Togo.
Nel 1963 il Togo diventò il primo paese del continente a subire un colpo di stato militare dopo l'indipendenza (da allora in Africa ve ne sono stati almeno due all'anno, più molti altri tentativi andati a vuoto). Quando il presidente Sylvanus Olympio venne assassinato mentre cercava di rifugiarsi nell'ambasciata americana, il fratello Nicolas Grunitzky tornò dall'esilio e assunse la guida del paese, ma fu deposto nel gennaio del 1967 dal colonnello (ora generale) Etienne Eyadéma.
Eyadéma si mise al lavoro per unificare il paese, fondando un'unica confederazione sindacale e un unico partito politico. Dopo essere scampato a un incidente aereo che, almeno pubblicamente, egli considerò un tentativo di omicidio da parte degli 'imperialisti' stranieri, Eyadéma nazionalizzò le miniere di fosfati di proprietà straniera e ordinò che tutti i togolesi che avevano il nome di battesimo europeo lo sostituissero con un nome africano. Tale decreto naturalmente valeva anche per lui ed egli cambiò il proprio nome in Gnassingbé Eyadéma. Tali provvedimenti tuttavia rappresentarono soltanto una lotta di facciata contro il retaggio del colonialismo e di fatto il Togo continuò a dipendere pesantemente dal mondo occidentale.
Dalla fine degli anni '60 fino agli anni '80 il Togo conobbe una forte crescita economica, basata in gran parte sulle riserve di fosfati, ed Eyadéma cercò di trasformare il paese in un paradiso per turisti e investitori. I suoi progetti però si dimostrarono eccessivamente ambiziosi e con la recessione dei primi anni '80 e il crollo dei prezzi dei fosfati, l'economia togolese subì un tracollo. Vennero tentati vari colpi di stato contro il governo, che diventò così vittima dei suoi stessi metodi, e com'era logico aspettarsi lo stesso Eyadéma fu direttamente responsabile della morte di molti dei 13 partecipanti al tentativo di colpo di stato del 1986.
All'inizio degli anni '90 la comunità internazionale iniziò a insistere affinché Eyadéma si pronunciasse a favore di un sistema democratico multipartitico, ma egli resistette ricorrendo al suo solito sistema del pugno di ferro. Le forze favorevoli alla democrazia, costituite prevalentemente dagli abitanti del sud (soprattutto dai mina e dagli ewé), organizzarono insurrezioni e scioperi per protestare contro l'autoritarismo del governo ed Eyadéma reagì schierando le forze armate, che uccisero decine e decine di persone nel corso di vari scontri. In seguito tuttavia Eyadéma dovette cedere alle pressioni della Francia e del popolo togolese e venne privato di ogni potere, mantenendo soltanto la carica rappresentativa di presidente. Il controllo del governo fu assunto da un primo ministro provvisorio nominato tramite elezioni, ma neanche quattro mesi dopo la sua residenza fu bombardata dall'artiglieria dell'esercito di Eyadéma, che proseguì con la tattica del terrore fino al 1993.
Gli attentati terroristici contro la stampa indipendente e gli omicidi di carattere politico divennero all'ordine del giorno e il processo di 'transizione' verso la democrazia si arrestò. L'opposizione continuò a indire scioperi generali, provocando altre reazioni violente dell'esercito e l'esodo di centinaia di migliaia di abitanti del sud, che cercarono rifugio in Ghana e in Benin. Per mezzo di tattiche intimidatorie e di intelligenti macchinazioni politiche che screditarono un partito di opposizione e indussero l'altro a non candidarsi, Eyadéma vinse le elezioni presidenziali del 1993 con oltre il 96% dei voti. Da allora i partiti di opposizione hanno perso gran parte del loro impeto e il controllo di Eyadéma è tornato quasi saldo come prima dell'inizio della crisi.
Nell'agosto del 1996 il primo ministro Edem Kodjo ha rassegnato le dimissioni ed è stato sostituito da Kwassi Klutse, ex ministro dei lavori pubblici. Nel giugno del 1998 Eyadéma si è assicurato un altro mandato di cinque anni con il 52% dei voti. Oggi i casi di violazione dei diritti umani nel Togo sono così frequenti da indurre quasi tutti i governi occidentali a mantenere le distanze dal paese, rinunciando a decidere se debba o meno essere definito uno stato parzialmente democratico.
Eyadéma, al potere da trentacinque anni, il 27 giugno 2002 ha destituito il primo ministro Agbeyome Messan Kodjo, che lo aveva apostrofato definendolo un despota ormai alla deriva e, in pochi giorni, ha insediato un nuovo governo guidato da Koffi Sama. A causa delle divergenze all'interno del partito di Eyadéma, le elezioni per dotare il paese di un nuovo parlamento, previste per il 1999, vengono continuamente rimandate. Sono 120.000 i dissidenti togolesi in esilio.
Alle elezioni del giugno 2003 Eyadéma è stato rieletto, e nel 2004 ha festeggiato il 37° anniversario della conquista del potere. Eyadéma ha modificato la legge elettorale e la costituzione, per consolidare il proprio regime. Quando Gilchrist Olympio, leader dell'opposizione e figlio del presidente assassinato del 1963, è tornato in Togo per le elezioni del 2003, ha scoperto, leggendo il quotidiano governativo, di essere stato omesso dalle liste elettorali. Una nuova legge, imposta da Eyadéma, prescrive che per partecipare alle elezioni occorre risiedere in Togo da almeno un anno.
Nel 2005, è avvenuta in Togo un'aspra lotta tra manifestanti e polizia, in seguito all'annuncio della vittoria di Faure Gnassingbé, figlio dell'ex dittatore Gnassingbé Eyadema, nelle elezioni presidenziali. Nel mese di aprile, nella capitale Lomé sono state uccise altre sei persone. È salito così a 22 il numero di morti tra i sostenitori del leader dell'opposizione Bob Akitani.
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