Gli atolli di Tokelau sono abitati da un migliaio di anni, e la tradizione vuole che gli antichi abitanti polinesiani avessero dei legami con Samoa, le Isole Cook e Tuvalu. I tre atolli erano famosi per la loro fiera avversione nei confronti di un dominatore straniero, almeno fino alle guerre di Tokelau del XVIII secolo quando Fakaofo conquistò Atafu e Nukunonu e creò la prima entità territoriale unitaria di Tokelau.
I primi europei a visitare queste isole furono il commodoro John Byron nel 1765 (che sbarcò ad Atafu) e i marinai della baleniera americana General Jackson nel 1835 (con sbarco a Fakaofo). Come sempre, ai navigatori fecero ben presto seguito i missionari, e i samoani cattolici convertirono la popolazione di Nukunonu verso il 1840, mentre i samoani protestanti si dedicarono ad Atafu nel 1858; in seguito i due gruppi di missionari si contesero le anime degli abitanti di Fakaofo. La già esigua popolazione degli atolli fu drasticamente decimata a sole 200 persone negli anni '50 del XIX secolo, quando i mercanti di schiavi peruviani rapirono circa 250 isolani e altri 500 furono portati via dai missionari, mentre si diffondevano varie malattie (la dissenteria, per esempio).
L'arcipelago fu annesso alla Gran Bretagna nel 1889, e poi alla nuova colonia inglese delle Isole Gilbert e Ellice (le odierne Kiribati e Tuvalu) nel 1916; all'epoca Tokelau era noto come Union Group, un toponimo che non ebbe fortuna forse perché assomigliava più al nome di una banca che a quello di un paradiso tropicale. In seguito molti abitanti di Tokelau emigrarono per lavorare nelle miniere di fosfati di Banaba (Ocean Island). Le isole furono amministrate dalla Nuova Zelanda a partire dal 1925, e vennero incluse nei suoi confini territoriali nel 1948. Il toponimo Tokelau Islands fu creato nel 1946, e poi abbreviato in Tokelau nel 1976; si tratta di un termine polinesiano che significa 'vento del nord'.
L'amministratore di Tokelau è tuttora nominato dal ministro degli affari esteri neozelandese, e ad Apia, Samoa, ha sede il segretario ufficiale delle isole. Il paese dipende in massima parte dagli aiuti stranieri, soprattutto neozelandesi, ma si sta facendo strada il desiderio di indipendenza, incoraggiato dalla Nuova Zelanda e dalle Nazioni Unite.
La pubblica amministrazione è stata trasferita a Tokelau da Samoa, e a partire dal 1996 il consiglio generale fono detiene il potere legislativo. L'introduzione del traghetto che fa servizio tra le isole e il miglioramento delle telecomunicazioni satellitari hanno tolto Tokelau dal suo isolamento, ma la carenza di terra e il sovraffollamento ormai cronico restano problemi gravi per le isole, soprattutto perché il riscaldamento globale del pianeta minaccia seriamente la sopravvivenza futura dell'arcipelago.
Tokelau si sta muovendo lentamente, ma costantemente verso l'indipendenza (pur mantenendo pieno accesso ai servizi della Nuova Zelanda, allo stesso modo di Niue). Tuttavia il processo ha subito un arresto nel 2006 quando il referendum non ha ottenuto il risultato sperato. Un altro voto era previsto nel 2007.
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