Si ritiene che l'Arcipelago di Tonga sia stato abitato a partire dal 3000 a.C., ma il reperto più antico, attestato con la datazione al carbonio, si aggira intorno al 1100 a.C. Il popolo dei lapita giunse a Tonga in un periodo compreso tra 3500 e 3300 anni fa e fondò la prima capitale nei pressi dell'attuale aeroporto Fua'amotu, sull'isola di Tongatapu. La tradizione orale dei tongani racconta la storia di una ragazza a pesca di crostacei, che un giorno fu catturata e sedotta dal dio sole Tangaloa. Dopo nove mesi, la ragazza partorì i discendenti dei tongani. La data di quest'evento è stata collocata (secondo la tradizione orale) nell'anno 950 d.C. In considerazione del fatto che anche gli incas credevano che il loro re discendesse dal dio sole, Thor Heyerdahl ha portato avanti la teoria rivoluzionaria secondo la quale tutti i popoli polinesiani non sarebbero emigrati dall'Asia, bensì dal continente americano, come dimostra anche la presenza della patata dolce su molte delle isole del Pacifico. Tuttavia, la maggior parte della comunità scientifica non ha mai accettato questa teoria.
I guerrieri tongani, considerati i vichinghi dell'Oceano Pacifico, portavano la devastazione al loro passaggio. Essi erano fermamente convinti che la guerra fosse peculiarità degli uomini nobili e valorosi, e che la pace fosse strettamente associata agli omosessuali. I guerrieri estesero l'impero tongano fino a includere parte delle attuali isole Fiji, Samoa, Tokelau e Niue.
Il titolo reale di Tu'i Tonga era passato di padre in figlio, ma, intorno alla metà del XVII secolo, fu sostituito da un titolo reale di maggior potere, quello di Tu'i Kanokupolu. Ai tempi del primo arrivo degli europei sulle isole, il Tu'i Kanokupolu era la figura più influente del paese. Si ritiene che i primi europei ad aver toccato le isole siano stati gli olandesi, i quali, dopo aver ucciso un isolano e aver catturato molti tongani come prigionieri nel loro viaggio verso le Indie Orientali, ruppero le buone relazioni interrazziali a favore di un inizio colonialista. Nell'anno 1643, Abel Tasman, un altro olandese, toccò le isole meridionali dell'arcipelago, dove fece rifornimento e commerciò con gli abitanti di 'Ata, di 'Eua e di Tongatapu. Non è necessario aggiungere che i tongani restarono relativamente indifferenti ai nomi geografici di luoghi europei come Rotterdam, Amsterdam, Pylstaart e Middleburgh, che gli olandesi avevano generosamente conferito alle loro isole.
Gli inglesi furono i secondi ad arrivare (e a imporre tirannicamente i loro nomi geografici), intorno alla fine del XVIII secolo. Tra questi vi era il capitano James Cook che chiamò Tonga le Isole dell'Amicizia, denominazione che oggi l'Agenzia Turistica Tongana ama promuovere. Se da un lato Cook si vantava del fatto che le sue ambizioni lo avessero portato 'tanto lontano quanto fosse possibile andare per un uomo', gli piaceva altresì sostenere di non essersi in realtà allontanato molto, aggiungendo che Tonga non era tanto diversa dalle più belle e fertili pianure d'Europa. Altrettanto ironico fu il fatto che Cook non seppe mai che l'amicizia a lui profusa dagli isolani faceva parte di un complotto fallito che aveva lo scopo di ucciderlo e di derubarlo di tutte le splendide mercanzie che i tongani avevano visto sulle sue imbarcazioni.
Gli spagnoli rivendicarono Vava'u, ma ben presto lasciarono l'isola senza farvi più ritorno. Certamente anche i francesi ebbero qualche traffico commerciale nella zona, ma in definitiva nessuna potenza riuscì nel XIX secolo a instaurare un'amministrazione colonialista. Pirati, disertori, balenieri, negrieri - che depredavano e saccheggiavano alcune delle isole più esterne - e commercianti di legno di sandalo furono gli unici residenti europei a rimanere fino all'arrivo dei missionari, che cominciarono a estendere la loro influenza a partire dal 1822. I metodisti o seguaci di Wesley furono quelli che ebbero più successo. Al momento dell'arrivo dei missionari cattolici francesi, i metodisti avevano già convertito Taufa'ahau, il capo di Ha'apai e, sotto la sua egida, l'intera isola di Ha'apai. Il governante si fece inoltre battezzare con il nome cristiano di George, per diventare in seguito re George Tupou I quando unì le isole di Tonga e salì al trono del regno. All'ascesa al trono del pronipote di George nel 1896, gli inglesi costrinsero il sovrano a firmare un trattato secondo il quale Tonga diventava un protettorato inglese in materia di politica estera. Nel 1918, sua figlia divenne regina a 18 anni, con il nome di Salote I. Durante la seconda guerra mondiale, Tonga istituì un esercito locale di difesa composto da circa 2000 uomini, che entrò in azione sulle Isole Salomone. Le truppe neozelandesi e statunitensi erano appostate sull'isola di Tongatapu, che divenne un luogo di attracco per le navi.
In politica, la regina Salote era meno interessata alle dispute tra le diverse fedi cristiane che all'educazione e al servizio sanitario per la popolazione. In patria la regina divenne molto popolare e nel mondo instaurò numerosi rapporti di amicizia con altri paesi. Alla sua morte nel 1965, la regina fu compianta da tutta la popolazione. Il figlio, Taufa'ahau Tupou IV, è l'attuale re di Tonga. A partire dal 1976 la monarchia è stata restaurata a pieno titolo e il paese è stato riammesso tra i paesi del Commonwealth. In quell'anno il re strinse nuovi rapporti con l'Unione Sovietica, fatto che portò gli Stati Uniti, la Nuova Zelanda e l'Australia a mettersi a tavolino e a prestare maggior attenzione a questo piccolo regno così affacendato. Il regno di re Taufa'ahau' ha avuto il merito di accelerare lo sviluppo economico del paese che, negli ultimi anni, ha potuto anche beneficiare del boom economico prodotto dal commercio delle zucche, con massicce esportazioni verso il ricco mercato giapponese.
Dall'inizio degli anni '90, la corruzione ai livelli più alti della politica e la crescente influenza di alcuni paesi stranieri hanno portato un certo malcontento circa le istituzioni e tradizioni del paese, che si è fatto sentire per lo meno al governo. Le elezioni parlamentari del 1990 hanno avuto un risultato sorprendente, con la vittoria inaspettata del Movimento dissidente Pro-Democratico Tongano (il TPDM), il cui programma di riforme prevedeva una serie di misure per frenare il potere dell'aristocrazia e l'istituzione di una monarchia costituzionale sul modello britannico, in sostituzione del precedente sistema in cui i ministri di governo dovevano essere di origine nobile e potevano beneficiare di cariche a vita.
Il TPDM ha raccolto un ampio consenso tra i tongani, i quali, sebbene non sostengano apertamente il sistema democratico o un cambiamento al loro attuale sistema politico, continuano a spalleggiare il partito a ogni elezione. È inoltre diffusa la convinzione secondo cui i ministri e i deputati di origine aristocratica eletti dal re promuovano in realtà gli interessi della loro classe. Il TPDM è, comunque, in minoranza al parlamento rispetto alla nobiltà ereditaria e i suoi leader sono continuamente perseguitati e imprigionati. In una concessione paternalista, il re ha dichiarato che concederà più poteri ai cittadini in un momento indeterminato del futuro (secondo il sovrano al momento i tongani non disporrebbero dell'esperienza o integrità necessarie a governare). Tuttavia, i giovani tongani dalla cultura più occidentalizzata stanno mettendo in questione il ruolo della monarchia ed è sempre più forte il sostegno a favore di un cambiamento radicale in senso democratico. Alla morte dell'attuale re, cresceranno probabilmente le pressioni per nuove riforme.
Recentemente, il Regno di Tonga ha rotto i rapporti politici con Taiwan a favore di più strette relazioni con la Cina ed è entrato a far parte dell'area denuclearizzata del Trattato sul Nucleare del Sud Pacifico. Tonga è stato il primo paese nel mondo a celebrare il nuovo millennio.
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